Python 带回流的管道破裂

新手问题在这里

我有以下两个函数——第一个“read_fq_entry”，从subprocess.Popen（系统调用zcat并对其进行管道处理）读取行，并以列表的形式一次返回四行

第二个“stream_fq”从第一个获取返回的输出，并暂时打印它。（最终，我将随机抽取一组行并将它们写入文件

问题是，第一个函数中的返回破坏了管道-知道如何不这样做吗

 def read_fq_entry( process ):

        while ( True ):
            name   = process.stdout.readline()       
            seq    = process.stdout.readline()
            strand = process.stdout.readline()
            qual   = process.stdout.readline()

            if ( not name or name == '') :
                return []

            return [name, seq, strand, qual]


 def stream_fq(infile1, infile2, Nr_of_reads):


        proc1 = subprocess.Popen("zcat " + infile1, stdout=subprocess.PIPE, shell=True)
        proc2 = subprocess.Popen("zcat " + infile2, stdout=subprocess.PIPE, shell=True)

        while ( True ):

            fq_1_entry = read_fq_entry(proc1)
            fq_2_entry = read_fq_entry(proc2)
            print fq_1_entry
            print fq_2_entry

---

行

返回[name，seq，strand，qual]

在

循环中，而True:

循环。您应该将其上移一级，或者也许可以将

return

语句改为

yield

语句。

这没有帮助。OP需要一个生成器，但这是一个主要的重写。Define generator-可以在需要时重写，寻找最佳的解决方案ons。这可能与您的问题无关，但

not name或name==''

是多余的，因为

not name

在

name

为空字符串时计算结果为True。如果不是name:将其缩短为

，则会产生相同的效果。感谢Kevin-优秀的tipWrite
stream_fq
和
send
行如果我在我的办公桌上，我会举个例子来回答，希望这能帮助你。