快速读取python文件

我正在读取格式如下的FASTA文件：

>gi|31563518|ref|NP_852610.1| microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3A isoform b [Homo sapiens] MKMRFFSSPCGKAAVDPADRCKEVQQIRDQHPSKIPVIIERYKGEKQLPVLDKTKFLVPDHVNMSELVKIIRRRLQLNPTQAFFLLVNQHSMVSVSTPIADIYEQEKDEDGFLYMVYASQETFGF

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你一次问的问题太多了！关注其中一个

阅读和编写FASTA文件包含在中（如注释中所建议的）

我注意到您还没有计算JC距离，所以这可能是您需要帮助的地方。 以下是我的想法：

import itertools, math

def computeJC(seq1, seq2):
    equal = 0
    for base1, base2 in itertools.izip(seq1, seq2):
        equal += (base1 == base2)
    p = equal / float(len(seq1))     
    return -3/4 * math.log(1 - 4/3 * p)  

itertools.izip技巧解释如下： 这段代码可以处理任何类型的字符串，当seq1或seq2到达末尾时，该外观将停止

其他人可能会提出一个“pythonicone-liner”，但首先要试着理解我的方法。它避免了代码陷入的陷阱：嵌套循环、不必要的分支、运行时列表增长、意大利面代码等等。享受吧

看一看。它支持读取和写入fasta文件。

import itertools, math

def computeJC(seq1, seq2):
    equal = 0
    for base1, base2 in itertools.izip(seq1, seq2):
        equal += (base1 == base2)
    p = equal / float(len(seq1))     
    return -3/4 * math.log(1 - 4/3 * p)