如何使用python反向补充多序列fasta文件？

我是python新手，我正在试图弄清楚如何读取具有多个序列的fasta文件，然后创建一个包含序列反向互补的新fasta文件。该文件的外观如下所示：

>智人 ACGTCAGTACGTACGTCATGACGTACGTACGTACTACTGACTGACTGACGTACTGACTGACGTACGTACGTACGTACGGTACGTACGTACGTACGTACGTACTG

>犬狼疮 CAGTCATGCATGCATGCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTACTGCATGCATGCATGCAGCTGCAGTACTGACGTACTGACGCGTCATGCAGTCATGCAGTCATGCATGCATGCATGCGCATGCGCAGTCAGTG

>潘努特罗格杜斯酒店 CATGCATCTGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGACTGCAGTCATGCCAGCATGCATGCATCAT

我正在尝试学习如何使用for和while循环，因此如果解决方案可以包含其中一个循环，那么它将是首选

到目前为止，我以一种非常不公平的方式做到了以下几点：

file1=打开（'/path/to/file'，r'）

file1.close（）

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这是可行的，但我知道有一种更好的方法来迭代这个结束部分。有更好的解决方案吗？

这里是一个简单的字符串反转示例

Python代码 添加了打印命令以显示脚本中发生的情况

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在Python中运行它，看看会发生什么。

< P>我知道你认为这是一个练习，但是如果你对使用现有的设施感兴趣，请看一下这个包。特别是如果你要做更多的顺序工作

这将允许您使用例如

seq=seq（'GATTACA'）

实例化一个序列。然后，

seq.reverse\u complete（）

将为您提供反向补码

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请注意，反向补码不仅仅是字符串反向，核苷酸碱基也需要用它们的补码字母替换。

通常，要在文本文件中的行上迭代，您使用for循环，因为“open”返回一个可迭代的file对象

>>> f = open('workfile', 'w')
>>> print f
<open file 'workfile', mode 'w' at 80a0960>

输出（与您的示例一起）：

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假设我没弄错，下面的代码对你有用吗？你可以把你想要的交换添加到字典里

d = {'A':'T','C':'G','T':'A','G':'C'}

with open("seqs.fasta", 'r') as in_file:
    for line in in_file:
        if line != '\n': # skip empty lines
            line = line.strip() # Remove new line character (I'm working on windows)
            if line.startswith('>'):
                head = line
            else:
                print head
                print ''.join(d[nuc] for nuc in line[::-1])

输出：

>homo_sapiens
CAGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTCAGTCAGTCAGTACGTCAGTCAGTCAGTCAGTACGTACGTCATGACGTACGT
ACTGACGT
>Canis_lupus
CATGACTGCATGCATGACGTCAGTACGTCAGTACTGCAGTCATGCATGCATGCATGCATGCAGTACTGACTGACGTCATG
ACTGCATGCATGCATGACTG
>Pan_troglodytus
ATGATGCATGCATGACTGACTGCATGACTGCAGTCATGATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGATGCATGCATGCAGT
ATGCATG

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您是否尝试过导致问题的任何方法？如果有，请包括在内。我觉得你可能跳过了“搜索和研究”的步骤。这个问题是一个非常开放的问题，涉及到许多不同类型的功能。例如，您必须读取该文件。然后你必须以某种方式处理它的内容。就目前的形式而言，它可能过于宽泛，无法在这个主题上加以考虑。从你的问题的一个方面开始，比如阅读文件，一旦你解决了问题，就转到下一个方面。我真的只是想知道是否有更好的方法来反复阅读else语句。我知道你并不需要我的表扬，但这使它成为一个更好的问题。谢谢你的澄清！我可以将biopython与导入的fasta文件一起使用吗？或者我必须使用类似于>seq=seq（'GATTACA'）的东西。您也可以使用

SeqIO

类读取FASTA文件。您应该查看手册：.+1表示您的“不要重新发明轮子”政策。如果你问我的话，学习这一课是编程方面的一个很好的练习

import string

if __name__ == "__main__":

    file_name = "test"
    translator = string.maketrans("TAGCPR", "PTRGAC")
    with open(file_name, "r") as f:
        while True:
            title = f.readline().strip()
            if not title:  # end of file
                break
            rev_seq = f.readline().strip().translate(translator)[::-1]
            f.readline()  # blank line
            print(title)
            print(rev_seq)

>homo_sapiens
RPGTPRGTPRGTPRGTPRGTPRGTPRGTRPGTRPGTRPGTPRGTRPGTRPGTRPGTRPGTPRGTPRGTRPTGPRGTPRGTPRTGPRGT
>Canis_lupus
RPTGPRTGRPTGRPTGPRGTRPGTPRGTRPGTPRTGRPGTRPTGRPTGRPTGRPTGRPTGRPGTPRTGPRTGPRGTRPTGPRTGRPTGRPTGRPTGPRTG
>Pan_troglodytus
PTGPTGRPTGRPTGPRTGPRTGRPTGPRTGRPGTRPTGPTGRPTGRPTGRPTGRPTGRPTGRPTGPTGRPTGRPTGRPGTPTGRPTG

d = {'A':'T','C':'G','T':'A','G':'C'}

with open("seqs.fasta", 'r') as in_file:
    for line in in_file:
        if line != '\n': # skip empty lines
            line = line.strip() # Remove new line character (I'm working on windows)
            if line.startswith('>'):
                head = line
            else:
                print head
                print ''.join(d[nuc] for nuc in line[::-1])

>homo_sapiens
CAGTACGTACGTACGTACGTACGTACGTCAGTCAGTCAGTACGTCAGTCAGTCAGTCAGTACGTACGTCATGACGTACGT
ACTGACGT
>Canis_lupus
CATGACTGCATGCATGACGTCAGTACGTCAGTACTGCAGTCATGCATGCATGCATGCATGCAGTACTGACTGACGTCATG
ACTGCATGCATGCATGACTG
>Pan_troglodytus
ATGATGCATGCATGACTGACTGCATGACTGCAGTCATGATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGATGCATGCATGCAGT
ATGCATG