如何生成一个数字序列，稍后可以在python的命令行中使用？

我想做的是编写一个脚本，其中包含一些文件作为输入，然后对它们运行一些命令！我首先想知道用户有多少文件，然后要求他/她上传，然后我想在上面运行一些命令。 因此，我很久以前就在类似的情况下使用了这个命令：

for cnt in

seq 19 2 31，但是现在当我使用这个命令时，我得到了一个syntex错误！ 这是我的名片：

readnumber= raw_input("How many pares do you have?" )
for cnt in `seq 1 1 int(readnumber)`; do
    pare$cnt-a = raw_input("filename of pare$cnt-a: ")
    pare$cnt-b = raw_input("filename of pare$cnt-b: ")
    cmd = "samtools merge   pare$cnt.bam pare$cnt-a pare$cnt-b"

这就是我得到的错误：

>         for cnt in 'seq 1 1 int(readnumber)'; do
>                                             ^
>     SyntaxError: invalid syntax

因此，我的经验是，当您将readnumber=3放入时，它会要求您上传（或输入）以下内容：

---

然后在上面运行我的命令

您正试图在python程序中使用bash语法。他们是不同的语言。例如，

seq

命令应改为

xrange（…）

命令。您还使用bash变量语法

$somevar

，而不是python的变量语法

因此，要么使用bash，要么使用Python，但不要尝试混用n-match

---

，您可能需要考虑让用户在命令行上提供文件名，而不是提示用户使用它们。这将使您的脚本在以后用作构建块时更加有用。

您正在尝试在python程序中使用bash语法。他们是不同的语言。例如，

seq

命令应改为

xrange（…）

命令。您还使用bash变量语法

$somevar

，而不是python的变量语法

因此，要么使用bash，要么使用Python，但不要尝试混用n-match

---

，您可能需要考虑让用户在命令行上提供文件名，而不是提示用户使用它们。这将使您的脚本在以后作为构建块时更加有用。

您似乎将Python与bash脚本混为一谈

raw_input

是Python，但脚本中的其他所有内容都是bash

---

与其尝试用Python重写整个过程，不如直接使用bash，也许可以使用

read

命令，而不是原始输入。

您似乎将Python与bash脚本混为一谈

raw_input

是Python，但脚本中的其他所有内容都是bash

---

与其尝试用Python重写整个过程，不如使用bash，也许可以使用

read

命令，而不是原始输入。

您可能需要这样的东西：

pairs = int(raw_input("How many pairs do you have?"))
for pair_n in xrange(1, pairs + 1):
  file1 = raw_input("pair%d-a: " % pair_n)
  file2 = raw_input("pair%d-b: " % pair_n)
  cmd = "samtools merge pair%d.bam '%s' '%s'" % (pair_n, file1, file2)
  # os.system(cmd) to run the command.

---

你可能想要这样的东西：

pairs = int(raw_input("How many pairs do you have?"))
for pair_n in xrange(1, pairs + 1):
  file1 = raw_input("pair%d-a: " % pair_n)
  file2 = raw_input("pair%d-b: " % pair_n)
  cmd = "samtools merge pair%d.bam '%s' '%s'" % (pair_n, file1, file2)
  # os.system(cmd) to run the command.

---

您的

for

-行不是Python代码，而是

bash

-shell中使用的for语句

您要做的是将for行重写为：

for cnt in range(1, readnumber):

---

另外，您还必须重写其他行，因为它们也是bash语法。

您的

for

-行不是Python代码，而是

bash

-shell中使用的for语句

您要做的是将for行重写为：

for cnt in range(1, readnumber):

---

另外，您还必须重写其他行，因为它们也是bash语法。

您将bash shell脚本语法与Python混淆了……您是否将bash语法与Python混合在一起？我想是的！好吧，这就是它不起作用的原因！你知道我如何在python中做到这一点吗？你把Bash shell脚本语法和python搞混了……你是在把Bash语法和python混合在一起吗？我想是的！好吧，这就是它不起作用的原因！你知道我如何用python来实现这一点吗？@mahmood:这似乎是python获得你想要的东西的方式。如果您真的想从python运行Bash命令，您可以使用

os.system（command）

或

subprocess.popen（command）

，例如（如果需要，可以用谷歌搜索这些示例）。非常感谢！不，我想使用python，但我将它与我的旧bash命令混合使用了！谢谢你的回答这是我想要的wanted@mahmood：这似乎是Python获得您想要的东西的方法。如果您真的想从python运行Bash命令，您可以使用

os.system（command）

或

subprocess.popen（command）

，例如（如果需要，可以用谷歌搜索这些示例）。非常感谢！不，我想使用python，但我将它与我的旧bash命令混合使用了！谢谢你的回答，这正是我想要的。我同意@DanielRoseman的观点，只是我想借此机会学习Python，因为它比bash对某些任务（当然不是所有任务）更强大。实际上，在linux系统中，以正确的方式混合Python和Bash是一种非常强大的方式，可以轻松快速地完成琐碎和非琐碎的任务。是的，我理解我的错误！但我想用python编写它。无论如何，谢谢。我同意@DanielRoseman的观点，只是我想借此机会学习Python，因为它比bash对某些任务（当然不是所有任务）更强大。实际上，在linux系统中，以正确的方式混合Python和Bash是一种非常强大的方式，可以轻松快速地完成琐碎和非琐碎的任务。是的，我理解我的错误！但我想用python编写它。无论如何，谢谢你。