Python 是否在rpy2中省略prcomp()中的NA值?
最后三个prcomp()调用导致以下错误:Python 是否在rpy2中省略prcomp()中的NA值?,python,r,numpy,rpy2,Python,R,Numpy,Rpy2,最后三个prcomp()调用导致以下错误: import numpy import rpy2 from rpy2 import robjects import rpy2.robjects.numpy2ri from rpy2.robjects.packages import importr stats = importr('stats') r = robjects.r rpy2.robjects.numpy2ri.activate() a = numpy.array( [ [1, 5, num
import numpy
import rpy2
from rpy2 import robjects
import rpy2.robjects.numpy2ri
from rpy2.robjects.packages import importr
stats = importr('stats')
r = robjects.r
rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
a = numpy.array( [ [1, 5, numpy.nan, 4, 5], [2, 6, 8, 7, 8] ] )
b = numpy.array( [ [1, 5, 8, 4, 5], [2, 6, 8, 7, 8] ] )
std = r.sd( a[0], **{'na.rm': 'TRUE'} ) # works fine
pca = stats.prcomp( b ) # works fine
pca = stats.prcomp( a ) # error
pca = stats.prcomp( a, **{'na.rm': 'TRUE'} ) # error
pca = stats.prcomp( a, **{'na.action': 'na.omit'} ) # error
我在谷歌上搜索了很多,不知道如何正确使用na.action(或其他方法)通过rpy2处理prcomp()中的na值。我希望这只是一个语法问题
谢谢您的帮助。na.action必须是函数,而不是带有函数名的字符串。
以下可能会起到作用:
Error in svd(x, nu = 0) : infinite or missing values in 'x'
请注意,NA!=楠。从你的例子来看:
pca = stats.prcomp( a, **{'na.action': stats.na_omit} )
谢谢你的回复。这种语法给了我和以前一样的错误,我尝试了一些变体,但没有成功。还有其他想法吗?
ar = robjects.vectors.Matrix(a)
print(ar)
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 5 NaN 4 5
[2,] 2 6 8 7 8