Python Linux文件格式问题（^M$而不是$）

我有一个很奇怪的问题

通过Python我创建了一个.bed文件。此.bed文件由3列组成：chromosomestartend。然后，该文件应该由Linux中的内置工具进行分析，但它显示“意外的文件格式”。通过cat-e file.bed | more，我看到所有行都以^M$结尾，其中应该只以$结尾（至少手动创建的文件只显示$and work）

有人知道如何解决这个问题吗？我在一个带有Ubuntu 12.04.4 LTS的VirtualBox上使用Bio Linux

谢谢

编辑：文件是通过Python构建的

test = "".join(chromosomes) #chromosomes = chr<tab>start<tab>end<space>\n
bed.write(test[0:-1])

test=”“.join（染色体）#染色体=chrstartend\n
bed.write（测试[0:-1]）

这应该对您有所帮助：Windows格式文本文件以

\r\n

结尾，UNIX文本文件仅以

\n

结尾。我猜您正在Windows上生成此文件。如果您以二进制模式打开文件进行写入（

bed=open（outfile，'wb'）

——关键是

b

——Python 2.x将停止尝试为您转换为本地本机换行符（否则，它会添加缺少的

\r

字符，而

cat-A

将其呈现为

^M

）。当然，这会使某些Windows程序（如记事本）不高兴。我明天会尝试，但我认为我的问题已经解决。非常感谢；）