使用python进行DNA测序

使用循环，我如何用python编写一个函数，对最长的蛋白质链进行排序，而不考虑顺序。当ties与其他元素混合时，函数返回仅由字符“a”、“C”、“G”和“T”组成的子字符串：例如，在序列“accgxxcxgtactgggcxttgt”中，它返回“gtactgggc”

如果数据作为字符串提供，您可以简单地将其按字符“X”拆分，从而获得一个列表

startstring = 'ACCGXXCXXGTTACTGGGCXTTGT'
array = startstring.split('X')

然后在检查元素长度的同时在列表上循环，将得到正确的结果：

# Initialize placeholders for comparison
temp_max_string = ''
temp_max_length = 0

#Loop over each string in the list
for i in array:
    # Check if the current substring is longer than the longest found so far
    if len(i) > temp_max_length:
        # Replace the placeholders if it is longer
        temp_max_length = len(i)
        temp_max_string = i

print(temp_max_string) # or 'print temp_max_string' if you are using python2.

您还可以使用python内置程序以更高效的方式获得结果：

按降序长度排序（

list.sort（）

） 仅获取最长的子字符串（

max（）

）：

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只是拼写更正。澄清概念：通常a、C、T、G被称为碱基或核苷酸，而不是蛋白质。一些DNA序列转化为氨基酸链；这些是蛋白质。DNA测序是找出一个DNA序列由哪一串核苷酸组成的过程。在这一点上，这些分子没有被讨论，因为我正在试图找出一个能够对它们进行排序的代码。

startstring = 'ACCGXXCXXGTTACTGGGCXTTGT'
array = startstring.split('X')
array.sort(key=len, reverse=True)
print(array[0]) #print the longest since we sorted for descending lengths
print(len(array[0])) # Would give you the length of the longest substring

startstring = 'ACCGXXCXXGTTACTGGGCXTTGT'
array = startstring.split('X')
longest = max(array, key=len)
print(longest) # gives the longest substring
print(len(longest)) # gives you the length of the longest substring