Python 重新格式化表每个条目有多个分隔符

我正在mac上工作，我更喜欢用Bash、R或Python3重新格式化

下面是我正在使用的表的一个小示例。该表有数千行，每行的列数可变。此外，该示例包含12个以逗号分隔的值，从Isofrorm_uu开始，但为了可读性，我将其减少为4

ENSMUSG0000001234 2.0 Isoform1_0.9,0.0,0.6,1.3 Isoform2_0.1,0.0,0.0,0.5
ENSMUSG0000005555 1.0 Isoform1_0.5,0.1,0.4,1.0 Isoform2_0.7,0.3,0.0,0.1 Isoform3_0.3,9.9,2.0,3.0

我希望能够搜索并重新格式化以下感兴趣的行。要提取感兴趣的行，我可以使用

grep "ENSMUSG0000001234" ./filename

但我没有足够的经验知道如何通过位置和各种分隔符提取值，并正确组织输出。我认为python可能是最好的工具，但我是python新手

我需要重新格式化的条目如下所示

0.9 0.0 0.6 1.3 
0.1 0.0 0.0 0.5

为清楚起见，此字段的行名称和列名如下

IsoformID Cell1 Cell2 Cell3 Cell4
Isoform1 0.9 0.0 0.6 1.3 
Isoform2 0.1 0.0 0.0 0.5

---

非常感谢您的帮助。

我看到您首选的解决方案是

Bash

、

R

或

Python 3

，但这里有一个快速解决您问题的方法，我可以在

php

中为您提供

您可以将以下脚本保存到文件中，例如：

reformat.php

<?php

$infile = $argv[1];

$handle = fopen($infile, "r");
if ($handle) {
    while (($line = fgets($handle)) !== false) {
        $data = explode(' ', trim($line));
        print $data[0] . '-' . $data[1] . "\n";
        foreach (array_slice($data, 2) as $row) {
            print str_replace(['_', ','], ' ' , $row) . "\n";
        }
    }
    fclose($handle);
} else {
    exit("Unable to open file ($finfile)");
}

脚本逐行读取和处理文件。我使用前两个空格分隔的字段作为块标识符。然后我处理行中剩余的字段（

array\u slice（$data，2）

）

输出：

ENSMUSG0000001234-2.0
Isoform1 0.9 0.0 0.6 1.3
Isoform2 0.1 0.0 0.0 0.5
ENSMUSG0000005555-1.0
Isoform1 0.5 0.1 0.4 1.0
Isoform2 0.7 0.3 0.0 0.1
Isoform3 0.3 9.9 2.0 3.0

更新：

我试图通过使用

python

找到实现目标的方法。我提出了以下解决方案

#!/usr/bin/python

with open("input.txt") as f:
    for line in f:
        row = line.strip().split(' ')
        print row[0] + '-' + row[1]
        for data in row[2:]:
            print data.replace('_', ' ').replace(',', ' ')

这将产生如上所示的相同输出

#!/usr/bin/python

with open("input.txt") as f:
    for line in f:
        row = line.strip().split(' ')
        print row[0] + '-' + row[1]
        for data in row[2:]:
            print data.replace('_', ' ').replace(',', ' ')