Python snakemake使用脚本实现shell I/O重定向和访问snakemake变量

问题很简单：
我想从规则中调用脚本，我希望该规则同时适用于以下两种情况：

• 执行stdout和stderr重定向
• 从脚本访问snakemake变量（变量可以是列表和文本）

如果使用

shell:

，则可以执行I/O重定向，但不能在脚本中使用

snakemake

变量
注意：当然可以从shell将变量作为参数传递给脚本。但是，通过这样做，脚本无法区分文本和列表变量。
如果改用

script:

，则可以访问snakemake变量，但无法执行I/O重定向和许多其他shell功能

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举例说明问题：
1） 使用

shell:

rule create_hdf5:
    input:
        genes_file = OUTPUT_PATH+'/{sample}/outs/genes.tsv'
    params:
        # frequencies is a list!!!
        frequencies = config['X_var']['freqs']
    output:
        HDF5_OUTPUT+'/{sample}.h5'
    log:
        out = LOG_FILES+'/create_hdf5/sample_{sample}.out',
        err = LOG_FILES+'/create_hdf5/sample_{sample}.err'
    shell:
        'python scripts/create_hdf5.py {input.genes_file} {params.frequencies} {output} {threads} 2> {log.err} 1> {log.out} '

问题1）：自然，python脚本认为频率列表中的每个元素都是一个新参数。但是，脚本无法访问

snakemake

变量

2） 使用

脚本：

rule create_hdf5:
    input:
        genes_file = OUTPUT_PATH+'/{sample}/outs/genes.tsv'
    params:
        # frequencies is a list!!!
        frequencies = config['X_var']['freqs']
    output:
        HDF5_OUTPUT+'/{sample}.h5'
    log:
        out = LOG_FILES+'/create_hdf5/sample_{sample}.out',
        err = LOG_FILES+'/create_hdf5/sample_{sample}.err'
    script:
        'scripts/create_hdf5.py'

问题2）：我可以访问脚本中的snakemake变量。但是现在我不能使用bash工具，比如I/O重定向

我想知道是否有办法实现这两个目标（也许我在snakemake文档中遗漏了一些东西）？

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提前谢谢

如果可能，我建议您使用模块来解析脚本的输入，这样它就可以使用

nargs=“*”

选项解析参数列表：

def main（）：
“”“程序的主要功能。”“”
parser=argparse.ArgumentParser(
description=\uuuuuu doc\uuuuuuuuuu，
格式化程序（class=argparse.ArgumentDefaultsHelpFormatter）
parser.add_参数(
“-g”、“--genes_文件”，
必需=真，
help=“包含基因的文件的路径。”）
parser.add_参数(
“-o”、“--output_文件”，
必需=真，
help=“输出文件的路径。”）
parser.add_参数(
“-f”、“--频率”，
nargs=“*”，
help=“频率间隔列表。”）
parser.add_参数(
“-t”、“--threads”，
类型=int，
默认值=1，
help=“要使用的线程数。”）
args=parser.parse_args（）
#然后使用args.gene_文件作为文件名，使用args.frequencies作为列表，等等。

你可以这样称呼它：

shell：
"""
python脚本/create_hdf5.py\\
-g{input.genes_file}-f{params.frequencies}\\
-o{output}-t{threads}2>{log.err}1>{log.out}
"""

您可以使用snakemake.log varaibale访问python脚本中的日志文件名，该列表包含两个文件名：

snakemake.log = [ LOG_FILES+'/create_hdf5/sample_1.out', LOG_FILES+'/create_hdf5/sample_1.err' ]

因此，您可以在脚本中使用它来创建日志文件，例如

import logging
mylogger = logging.getLogger('My logger')
# create file handler
fh = logging.FileHandler(snakemake.log[0])
mylogger.addHandler(fh)
mylogger.error("Some error")

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我可以将列表序列化为JSON，然后将其作为参数传递给脚本，并在脚本中反序列化。有没有比这更优雅的方法呢？是的，使用argparse是一个很好的实践。谢谢你的回答，我正在以这种方式修改我的所有脚本。同时，我注意到argparse还有一个R实现：