python和错误I“；ndentationError“；

我有一个顺序如下：

>gnl|GNOMON|230560472.m Model predicted by Gnomon on Homo sapiens unplaced genomic scaffold, alternate assembly HuRef DEGEN_1103279082069, whole genome shotgun sequence (NW_001841731.1)
GCCGGCGTTTGACCGCGCTTGGGTGGCCTGGGACCCTGTGGGAGGCTTCCCCGGCGCCGAGAGCCCTGGC
TGACGGCTGATGGGGAGGAGCCGGCGGGCGGAGAAGGCCACGGGCTCCCCAGTACCCTCACCTGCGCGGG
ATCGCTGCGGGAAACCAGGGGGAGCTTCGGCAGGGCCTGCAGAGAGGACAAGCGAAGTTAAGAGCCTAGT
GTACTTGCCGCTGGGAGCTGGGCTAGGCCCCCAACCTTTGCCCTGAAGATGCTGGCAGAGCAGGATGTTG
TAACGGGAAATGTCAGAAATACTGCAAGCAAACTGAAAACAACCCATCCATGTAGGAAAGAATAACACGG
ACTACACACTATGAGGAAACCACAGGGGAGTTTCAGGCCAGTCAGCTTTTGATCTTCAACTTTATAACTT
TCACCTTAGGATATGACGAGCCCACCGGAGTTTCAAAAATGGTATCATTTTGTATCAGGCTTGTTTTTTA
CACTCTTGGTTTCTCACAGAGATAGGTGGTTTCTCCTTAAAATCGAACATTTATATGATGCATTTTACTG
TAGTTACTATCAGAAAAGTTAGTTTTCCCAAATTTAAGTTCACTCTGGGGTACTATAGCGTGAATGTAGT
TCATTCTGTTGAGCTAGTTGTTCATGTTAGTGTAGTTCACATATTTATCTGGAACTCAAAAATGAGGGGT
TGAGAGGGGAAGCTAAAATTCAAAACATGTCCAAATATATAATTTTAATATTTTACTTTATATTTAAAAT
AGAAAAGCAATTGATTCTAGAATTAGACTAATTGCTAGCATTGCTAGGATATATAAAATGAAGCTGAATG
TTTTAACTCTGGAATTTTTCTGAATAGTCTAAGAAATAAGGCTGAAGTGTATCACTTGCCTTAAGTTTAC
TTTTGCGTGTGTGTTTTAATTTTGTTCAGTGGGGCTTTCACTTAAAAAAAAAACCATAATATTATTACCT
GGATAAAAAATACAGCTGAAAGTAGATCACTTTATCTTTAAGCAGAAGGATGGAAATAGAAGAATTTTAA
GAATGTATTGGTTGAAAAACATCTATATTATTTTATTTTTATTTCTCTTCTTGTGGGAGTAAAATAATTT
CCAACCAAATCAGTCCACCTAGATTATACACTGTTCAGTTTGTTTTCTGCCCTGCAGCACAAGCAATAAC
CAGCAGAGACTGGAACCACAGCTGAGGCTCTGTAAATGAGTTGACTGCTAAGGACTTCATGGGGATATTA
ACCTGGGGCATTAAGAGAATCAACATGCTAAAGTACTTGGAGACAGCTCTGTAATGTTTTATGAGGTTTT
TTGTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCACTGTCGCCCAGGCTGG

我试着把它翻译成蛋白质。我使用了其他帖子来实现这一点，但是当我运行它时，我得到了几个错误

代码如下：

import re
from itertools import takewhile
from collections import Counter

    # prints how many start and stop codons are in the sequence 

   pat = re.compile(r"(TAA|TGA|TAG|ATG)") #additional space required!
   c = re.findall(pat,sequence) #additional space required!
   print(Counter(c)) #additional space required!


    3)]
    print(len(codons))
    print(trimmed_sequence)
    print(codons)

    # Take all codons until first stop codon
    coding_sequence  =  takewhile(lambda x: x not in stop_codons and len(x) == 3 , codons)


    return "{0}_".format(protein_sequence)

我首先将cd刻录到终端（Mac）中的桌面，然后运行 python是code.py的名称，python-t是代码的名称

这两种情况我都会出错，例如

文件“translate_dna2.py”，第34行 开始=序列。查找（'ATG'） ^ 缩进错误：意外缩进

与“codontable”（第6行）行上的stop_codones等相同，您缺少一个空格。应该是：

def (...) :
----codontable

Python的适当缩进是一个表格=4个空格。这里也有：

----pat = re.compile(r"(TAA|TGA|TAG|ATG)")
----c = re.findall(pat,sequence)
----print(Counter(c))

---

每个破折号意味着一个空间。

Python的主要优势之一是可以为任何内容提供大量高质量的库。一个很好的生物信息学软件包是。你有一张FASTA唱片。将其保存到名为“seq.fa”的文件中，然后执行以下操作（在安装Biopython ofc后）：

导入Bio.SeqIO
以开放式（“序列fa”）作为f：
record=Bio.SeqIO.parse（f，“fasta”）.next（）
prot_seq=record.seq.translate（）
打印prot_seq.tostring（）

您的意思是，我应该删除方法之间的空行吗？不，空行可以。我的意思是，每个块都需要有四行相对于页眉的缩进。我会更新我的帖子。你能更新你的帖子或修改代码吗，这样我就能明白问题出在哪里了！我确实有四个空间，用于--codontable和其他，那么你提出的问题已经解决了。如果您有不同的问题，请另外提问。我已回滚您最近的编辑。如果您还有其他问题需要帮助，请发布一个新问题，并附上适当的标题和问题描述。（向上投票帮助你的答案是可选的，但这似乎是一个很好的手势。）你能检查一下你上次的编辑吗。大量的代码似乎丢失了。谢谢@simleo，但我更愿意在不使用任何可用软件包的情况下完成它，这样我可以更灵活地修改/更改它