Python程序；genipe"；-TypeError:uuu init_uuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuuu；规范化&x27；

我正试图运行genipe程序来做一些全基因组生存分析。我已经安装了genipe和所有相关目录。但是，当我运行该程序时，会出现以下错误：

“TypeError:\uInit（）获得意外的关键字参数'normalize'”

我没有编辑任何genipe脚本，我在另一台服务器上运行了genipe，没有任何问题，所以我不确定到底出了什么问题！任何帮助都将不胜感激

非常感谢,

克拉

编辑： 我使用的是python版本3.6.1

回溯如下：

Traceback (most recent call last):
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 119, in worker
    result = (True, func(*args, **kwds))
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 44, in mapstar
    return list(map(*args))
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 965, in process_impute2_site
    use_ml=site_info.use_ml,
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 1048, in fit_cox
    cf = CoxPHFitter(alpha=0.95, tie_method="Efron", normalize=False)
TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'normalize'
"""

The above exception was the direct cause of the following exception:

Traceback (most recent call last):
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 811, in compute_statistics
    for result in pool.map(process_impute2_site, sites_to_process):
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 260, in map
    return self._map_async(func, iterable, mapstar, chunksize).get()
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 608, in get
    raise self._value
TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'normalize'

[2017-05-31 14:18:53 ERROR] __init__() got an unexpected keyword argument 'normalize'
multiprocessing.pool.RemoteTraceback:
"""
Traceback (most recent call last):
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 119, in worker
    result = (True, func(*args, **kwds))
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 44, in mapstar
    return list(map(*args))
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 965, in process_impute2_site
    use_ml=site_info.use_ml,
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 1048, in fit_cox
    cf = CoxPHFitter(alpha=0.95, tie_method="Efron", normalize=False)
TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'normalize'
"""

The above exception was the direct cause of the following exception:

Traceback (most recent call last):
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/bin/imputed-stats", line 11, in <module>
    sys.exit(main())
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 161, in main
    options=args,
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/site-packages/genipe/tools/imputed_stats.py", line 811, in compute_statistics
    for result in pool.map(process_impute2_site, sites_to_process):
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 260, in map
    return self._map_async(func, iterable, mapstar, chunksize).get()
  File "/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py", line 608, in get
    raise self._value
TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'normalize'

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
worker中的文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py”，第119行
结果=（True，func（*args，**kwds））
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py”，第44行，在mapstar中
返回列表（映射（*args））
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_-pyvenv/lib/python3.6/site packages/genipe/tools/imputed_-stats.py”，第965行，过程中_-impute2_-site
use\u ml=站点信息。use\u ml，
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_-pyvenv/lib/python3.6/site packages/genipe/tools/imputed_-stats.py”，第1048行，在fit_-cox中
cf=CoxPHFitter（alpha=0.95，tie_method=“Efron”，normalize=False）
TypeError:\uuuu init\uuuuuuuu（）获取了意外的关键字参数“normalize”
"""
上述异常是以下异常的直接原因：
回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_-pyvenv/lib/python3.6/site packages/genipe/tools/imputed_-stats.py”，第811行，在compute_-statistics中
对于pool.map中的结果（过程输入2站点，站点到过程）：
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py”，第260行，在地图中
返回self.\u map\u async（func、iterable、mapstar、chunksize）.get（）
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py”，get中的第608行
提升自我价值
TypeError:\uuuu init\uuuuuuuu（）获取了意外的关键字参数“normalize”
[2017-05-31 14:18:53错误]\uuuu init\uuuuu（）获取了意外的关键字参数“normalize”
multiprocessing.pool.RemoteTraceback：
"""
回溯（最近一次呼叫最后一次）：
worker中的文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py”，第119行
结果=（True，func（*args，**kwds））
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py”，第44行，在mapstar中
返回列表（映射（*args））
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_-pyvenv/lib/python3.6/site packages/genipe/tools/imputed_-stats.py”，第965行，过程中_-impute2_-site
use\u ml=站点信息。use\u ml，
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_-pyvenv/lib/python3.6/site packages/genipe/tools/imputed_-stats.py”，第1048行，在fit_-cox中
cf=CoxPHFitter（alpha=0.95，tie_method=“Efron”，normalize=False）
TypeError:\uuuu init\uuuuuuuu（）获取了意外的关键字参数“normalize”
"""
上述异常是以下异常的直接原因：
回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/bin/imputed stats”，第11行，在
sys.exit（main（））
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_-pyvenv/lib/python3.6/site packages/genipe/tools/imputed_-stats.py”，主行第161行
选项=args，
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_-pyvenv/lib/python3.6/site packages/genipe/tools/imputed_-stats.py”，第811行，在compute_-statistics中
对于pool.map中的结果（过程输入2站点，站点到过程）：
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py”，第260行，在地图中
返回self.\u map\u async（func、iterable、mapstar、chunksize）.get（）
文件“/users/k1640238/miniconda/envs/genipe_pyvenv/lib/python3.6/multiprocessing/pool.py”，get中的第608行
提升自我价值
TypeError:\uuuu init\uuuuuuuu（）获取了意外的关键字参数“normalize”

根据关键字参数判断，此关键字参数已从此特定函数中删除。Lifeline是包含此特定函数的包，并且是

您可以自己安装以前版本的lifeline，看看是否有帮助，或者等待genipe库中的更新

从您的评论中查看进一步的错误，似乎是。您正在尝试使用

dmatrices

，但似乎没有定义它。可能是因为前面提到的

try/catch

block找不到已安装的

statsmodel

，因此也没有导入

patsy

尝试手动安装更多的软件包，从

---

然后看看是否会出现任何错误…

请参见上面勘误表的答案，我使用了一些依赖项的错误版本，但即使如此，程序仍然会给我错误。然而，当我恢复到python 3.4时，程序工作正常。

要解决这个问题，确实需要整个回溯和您的python版本。我ave编辑了该问题，以包括回溯和版本。很好，谢谢勘误表，我今晚将尝试安装以前的版本，看看是否有效。我已恢复到lifelines的以前版本。但是仍然存在类似问题。我已安装了genipe说明中指定的所有包版本。错误：测试_fit_-cox_interaction_snp1（genipe.tests.test_-imputed_stats.TestImputedStatsCox）测试具有交互作用的“fit_-cox”函数，第一个SNP.Traceback（最后一次调用）：文件“/miniconda/envs/genipe_-pyvenv/lib/python3.6/site packages/genipe/tests/tests/test_-imputed_-stats.py”，第866行，在test_-fit_-cox_-interaction_-snp1公式=公式中，文件”/miniconda/envs/genipe_-pyvenv/lib/python3.6/site packages/genipe/tools/imputed_-stats.py”，第1128行，在fit_-cox y中，X=dmatrices（公式，数据=数据，返回类型=“dataframe”）name错误：name'dmatri