在Python中访问大量未排序的数组元素

我对Python不是很熟练。然而，我对R很在行。然而，我必须使用Python，因为它有一个与Cplex的最新接口。我还试图避免在C/C中必须进行的所有额外编码++

也就是说，我对大型列表/数组/矩阵的速度和效率存在问题

我很快用R写了两行，虽然很难看，但效果还是不错

doses = sapply(organSets[[2]], function(x) sum(voxMap_beamlet_val[which(voxMap_beamlet_iInd[,1] == x),1]))
length(which(doses <= sum(doses)/length(organSets[[2]])))/length(doses)

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请告知。

首先，您希望高效地访问行，而COO格式无法做到这一点。将您的

voxMapBeamlet

转换为压缩的稀疏行格式，

getrow

将变得更加高效：

voxMapBeamlet = sparse.coo_matrix((voxMap_beamlet_val,(voxMap_beamlet_iInd,voxMap_beamlet_jInd)),shape=(1055736,8500))
voxMapBeamlet = voxMapBeamlet.tocsr()

其次，

getDose

比它需要的复杂得多：

def getDose(voxInd):
    return voxMapBeamlet.getrow(voxInd).sum()

我怀疑这已经足够快了，但我们应该能够进一步推动它。我们可以使用广播和高级索引将更多的工作从Python字节码推到C级例程中：

def probDoseLevel2(orgVox,level=None):
    relevantRows = voxMapBeamlet[orgVox]

    # Dense column matrix of row sums
    voxDose2 = relevantRows.sum(axis=1)
    if level is None:
        level = voxDose2.sum()/len(orgVox)
    return (voxDose2 <= level).sum() / len(orgVox)

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在文件的顶部。

1。这属于代码审查。2.尝试用

sum（voxDose2）

替换

sum（[x代表voxDose2中的x]）

作为开始。感谢您的评论，我做了更改，但是在一个较小的示例上测试，如果

级别
没有
无
，那么
voxDose2
是否用于任何用途？哦，谢谢，这是一个复制粘贴错误。实际上，我刚刚注意到
return（voxDose2@Constantine:它做了错误的事情吗？对布尔矩阵求和应该产生一个Trues数的计数，因为它会自动转换为整数数据类型进行求和。
voxDoses[voxDoses@Constantine:等等，在
len中([x代表voxDose2中的x如果x抱歉，我把自己给缠住了……两者都有。最后一行是
return voxDoses[voxDoses]
def probDoseLevel2(orgVox,level=None):
    relevantRows = voxMapBeamlet[orgVox]

    # Dense column matrix of row sums
    voxDose2 = relevantRows.sum(axis=1)
    if level is None:
        level = voxDose2.sum()/len(orgVox)
    return (voxDose2 <= level).sum() / len(orgVox)

from __future__ import division