如何向python脚本添加命令行参数帮助？

我正在尝试创建一个python脚本，使用命令行中的以下命令可以运行该脚本：

python3 myprogramname.py –in_file input.fasta –out_file output.fasta –unk_file unknown.fasta –n_mismatch 3 –min_len 150 -forward GTGCCAGCMGCCGCGGTAA -reverse ACAGCCATGCANCACCT

为此，我尝试设置参数，以便在使用以下命令时，帮助输出可以帮助用户：

python3 myprogramname.py -help

到目前为止，我有以下脚本，但有些错误似乎无法修复：

from sys import argv, exit

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser(prog="arg.py", usage="%(arg.py)s [options]")

#Mandatory arguments
parser.add_argument("--in_file", help = "The name of the input FASTA file.")
parser.add_argument("--out_file", help = "The name of the trimmed reads file.")
parser.add_argument("--unk_file", help = "The name of the file containing unprocessed reads.")
parser.add_argument("--n_mismatch", help = "The tolerance for mismatches in the forward or reverse primer sequence.")
parser.add_argument("--min_len", help = "The minimum length a sequence must be in order to be processed")
parser.add_argument("--h", help = "Insert helpful information.")

#Parse arguments
args = parser.parse_args()

parser.print_help()

理想情况下，

python3 myprogramname.py-help的输出应产生以下内容：

usage: myprogramname.py -in_file <inputfile> -out_file <outfile> -unk_file <unknownfile> -n_mismatch <mismatchnumber> -min_len <minimumsequencelengthnumber> -forward <forwardprimerstring> -reverse <reverseprimerstring>

required arguments:
--in_file The name of the input FASTA file
--out_file The name of the trimmed reads file
--unk_file The name of the file containing unprocessed reads
--n_mismatch The tolerance for mismatches in the forward or reverse primer sequence
--min_len The minimum length a sequence must be in order for it to be processed
--h The help information for your program

用法：myprogramname.py-in\u file-out\u file-unk\u file-n\u不匹配-min\u len-forward-reverse
所需参数：
--在\u文件中输入文件的名称
--out\u file修剪后的读取文件的名称
--unk_file包含未处理读取的文件的名称
--n_不匹配正向或反向引物序列中不匹配的公差
--min_len序列必须达到的最小长度，才能对其进行处理
--h您的程序的帮助信息

错误消息：

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/python3.6/argparse.py", line 1775, in parse_known_args
    namespace, args = self._parse_known_args(args, namespace)
  File "/usr/lib/python3.6/argparse.py", line 1981, in _parse_known_args
    start_index = consume_optional(start_index)
  File "/usr/lib/python3.6/argparse.py", line 1889, in consume_optional
    raise ArgumentError(action, msg % explicit_arg)
argparse.ArgumentError: argument -h/--help: ignored explicit argument 'elp'

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "arg.py", line 18, in <module>
    args = parser.parse_args()
  File "/usr/lib/python3.6/argparse.py", line 1743, in parse_args
    args, argv = self.parse_known_args(args, namespace)
  File "/usr/lib/python3.6/argparse.py", line 1782, in parse_known_args
    self.error(str(err))
  File "/usr/lib/python3.6/argparse.py", line 2400, in error
    self.print_usage(_sys.stderr)
  File "/usr/lib/python3.6/argparse.py", line 2370, in print_usage
    self._print_message(self.format_usage(), file)
  File "/usr/lib/python3.6/argparse.py", line 2336, in format_usage
    return formatter.format_help()
  File "/usr/lib/python3.6/argparse.py", line 291, in format_help
    help = self._root_section.format_help()
  File "/usr/lib/python3.6/argparse.py", line 222, in format_help
    item_help = join([func(*args) for func, args in self.items])
  File "/usr/lib/python3.6/argparse.py", line 222, in <listcomp>
    item_help = join([func(*args) for func, args in self.items])
  File "/usr/lib/python3.6/argparse.py", line 308, in _format_usage
    usage = usage % dict(prog=self._prog)
KeyError: 'arg.py'

回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“/usr/lib/python3.6/argparse.py”，第1775行，位于parse\u known\u args中
名称空间，args=self.\u解析\u已知\u args（args，名称空间）
文件“/usr/lib/python3.6/argparse.py”，第1981行，在已知的参数中
开始索引=消耗索引可选（开始索引）
文件“/usr/lib/python3.6/argparse.py”，第1889行，可选
引发ArgumentError（操作，消息%explicit\u arg）
argparse.ArgumentError:参数-h/--help:忽略显式参数“elp”
在处理上述异常期间，发生了另一个异常：
回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“arg.py”，第18行，在
args=parser.parse_args（）
parse_args中的文件“/usr/lib/python3.6/argparse.py”，第1743行
args，argv=self.parse\u known\u args（args，名称空间）
文件“/usr/lib/python3.6/argparse.py”，第1782行，位于parse\u known\u args中
自我错误（str（err））
文件“/usr/lib/python3.6/argparse.py”，第2400行出错
自我打印使用（_sys.stderr）
文件“/usr/lib/python3.6/argparse.py”，第2370行，打印使用
self.\u打印消息（self.format\u用法（），文件）
文件“/usr/lib/python3.6/argparse.py”，第2336行，格式为
返回格式化程序。格式化\u帮助（）
文件“/usr/lib/python3.6/argparse.py”，第291行，格式为“帮助”
help=self.\u root\u section.format\u help（）
文件“/usr/lib/python3.6/argparse.py”，第222行，格式为“帮助”
item_help=join（[func（*args）表示func，args表示self.items]）
文件“/usr/lib/python3.6/argparse.py”，第222行，在
item_help=join（[func（*args）表示func，args表示self.items]）
文件“/usr/lib/python3.6/argparse.py”，第308行，格式为
用法=用法%dict（prog=self.\u prog）
KeyError:'arg.py'
关键字to
ArgumentParser
只允许
%（prog）s
格式说明符<代码>%（arg.py）s

不是有效的格式说明符。要么写

usage='arg.py[options]'

要么写

usage='%（prog）s[options]'

，

有多少未指明的错误[你]似乎无法纠正，一旦你正确拼写“argument”？@jwodder我已经纠正了拼写，谢谢你编辑了我的帖子。当我尝试键入

python3 myprogramname.py-help

时，仍然会在args=parser.parse_args（）文件/usr/lib/python2.7/argparse.py”第1701行的parse_args args，argv=self.parse_known_args（args，名称空间）中出现类似

File“arg.py”的错误

其中arg.py是我脚本的名称。请将完整的错误消息粘贴到您的问题中。为什么您不能将解析器实例化为

parser=argparse.ArgumentParser（）

？@dedObed，它似乎解决了错误，但我想自定义“usage=”行。