Python linux与mac路径名的工作方式不同。。。关闭文件上的I/O操作

我已在mac电脑上使用子进程命令（Popen）成功启动了unix命令

samtools view-h[路径到感兴趣的文件]

——这是为了开发管道进程。这是在从views.py文件调用的django环境中完成的

树

然后，我不得不在一台linux计算机上重新开发该项目，该计算机拥有最终用于发布django站点的服务器。因此，我通过电子邮件向自己发送了zip文件，并在linux机器上下载了管道目录

问题：在子进程调用

samtools view-h[感兴趣的文件路径]

之前，命令链工作正常

由于我使用的是相对路径命令，我假设路径不会出现问题：

1         for file in os.listdir(settings.MEDIA_ROOT):
2             if file.endswith(".bam"):
3               bamfile = file
4
5               path = os.path.join(settings.MEDIA_ROOT, bamfile) #path not working
6               print "testing",path #DEBUG
7               print "step-1" #DEBUG
8               print "step-2" #DEBUG
9               os.system("module load samtools/1.3") 
10              print "step-3" #DEBUG
11              print "step-4 - creating reads.sam" #DEBUG
12              with open("reads.sam", "w") as output:
13                  print 'start' #DEBUG
14                  a = subprocess.Popen(["samtools", "view", "-h", path], stdout=out)
16                  print 'middle'#DEBUG
17                  a.communicate()[0]       

如上所述，此过程在mac上运行良好，但在linux环境中运行站点时，管道在子过程阶段失败，返回错误：

I/O operation on closed file

'file' object is not callable

在注释为“DEBUG”的行中，我只是测试流程失败的地方（始终在第14行）

在第9行，我为下载的

samtools

加载模块（尽管我不必在mac上这样做）

在第14行，我还尝试使用

os.systems

代替

Popen

（并使用感兴趣文件的绝对路径），但返回错误：

I/O operation on closed file

'file' object is not callable

不确定此错误是否源于第1行的for循环中设置的变量“file”，或者它只是另一个路径问题

将绝对路径与

Popen

一起使用会返回相同的错误-“I/O…”

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mac和linux之间的系统以不同的方式处理命令/变量，我希望有人能帮助我……

您是否尝试过使用

os.path.abspath

？是的，尝试过，但它返回：“'builtin\u function\u或\u method'对象没有属性'abspath'”，即使我导入了'sys'和'os'。。。当我将“stdout=out.PIPE”作为标准输出时，即使我导入了“subprocess”，也会遇到类似的错误。当我尝试“从子进程/sys/os导入…”时，它给出了不导入子进程/sys/os的错误…您是否尝试过使用

os.path.abspath

？是的，尝试过，但它返回：“内置函数或方法”对象没有属性“abspath”，即使我导入了“sys”和“os”。。。当我将“stdout=out.PIPE”作为标准输出时，即使我导入了“subprocess”，也会遇到类似的错误。当我尝试“从子进程/sys/os导入…”时，它给出了不导入子进程/sys/os….的错误。。。。