Python 一般序列比对

我正在写一个程序，它被设计为匹配两个序列。我已经有了两个包含SeqRecord对象的列表，后缀F和R是分开的。现在，我想从列表F中选择一个序列，并从列表R中找到最相似的序列。我想根据seq_record.id进行搜索。然后对这两个相似的序列进行全局匹配。并对列表f中的每个序列重复相同的步骤

下面是列表f中的示例id名称：BIE-1_ITS5；BIE-2_ITS5；BIE-3_ITS5；KAZ-5_-ITS5

这里来自列表r:BIE-1_ITS4；BIE-2_ITS4；BIE-3_-ITS4；KAZ-5_-ITS4

例如，对于id号为BIE-1_ITS5的序列，关键点是在列表r中找到序列BIE-1_ITS4，并对其进行全局序列对齐

将第一个与第一个、第二个与第二个匹配不是首选选项，因为可能存在没有任何对的序列

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感谢您的回答

我使用了字符串匹配算法来查找两个字符串的相似性分数，并找到了最相似的字符串：

导入difflib 将numpy作为np导入 def getScore（项目1、项目2）： 返回浮点（difflib.SequenceMatcher（无、项1、项2）.ratio（）*100） def getMostSimilar（f，r）： 结果={} 对于f中的i： 分数=[0]*len（r） 对于枚举（r）中的ind，j： 分数[ind]=getScore（i，j） 打印（分数） ind=np.argmax（分数） 结果[i]=r[ind] 返回结果 f=['BIE-1_-ITS5'、'BIE-2_-ITS5'、'BIE-3_-ITS5'、'KAZ-5_-ITS5'] r=['BIE-1_-ITS4'、'BIE-2_-ITS4'、'BIE-3_-ITS4'、'KAZ-5_-ITS4'] 打印（getMostSimilar（f，r）） 我得到了以下结果：

[90.0,80.0,80.0,50.0]
[80.0, 90.0, 80.0, 50.0]
[80.0, 80.0, 90.0, 50.0]
[50.0, 50.0, 50.0, 90.0]
{'BIE-1_ITS5'：'BIE-1_ITS4'，
‘BIE-2_-ITS5’：‘BIE-2_-ITS4’，
‘BIE-3_-ITS5’：‘BIE-3_-ITS4’，
‘KAZ-5_-ITS5’：‘KAZ-5_-ITS4’}

印刷词典是最相似项目的映射

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注意：这不会返回一个唯一的映射，因为这需要更多关于如何映射的信息，即先到先得或最大匹配分数（需要有平局情况）

-您能解释一下全局序列对齐是什么意思吗？-另外，使用列表

f

中的id，您如何确定在列表

r

中查找的id？是否有规则确定最相似的id？也许只是字符串比较？我是说DNA序列匹配。预先指定每个对象的ID。我想在两个列表中找到最相似的ID，然后从中匹配序列。如果有帮助，请接受答案