Python 氨基酸结合位点发现，蛋白质数据库

我试图找出属于两条不同链的两个原子是否会被认为是“束缚的”。这是基于这样一个事实，即如果距离（欧几里得，可以通过给定的x，y，z坐标找到）小于两个原子的范德华加上0.5A，则认为它是有界的。问题是我不知道如何计算每个原子的范德华。因为在PDB中，原子名类似于CB1、CA等，而不是单个原子。例如，我知道N的瓦尔斯半径。我可以编写代码来计算原子之间的原子距离，但我没有完成范德瓦尔斯部分，这是必不可少的。以下是我编写的代码，用于从PDB的两条链和链接中提取信息：

我可以在这两条链之间创建for环，并比较距离，只要我知道如何计算可能相互作用的两个原子之间的范德华半径

编辑：我决定继续前进，假设每个原子都是第一个字母，这样CB，OG1，分别是碳和氧，将取它们的范德华值。尽管如此，我仍在努力编写代码来创建两条链之间的for循环，并以 如果“Vanderwaalsofatomfchaina+Vanderwaalsofatomfchainb+0.5”>“基于欧几里得公式的距离”：等

编辑：我设法将范德瓦尔斯半径添加到链A和链B中的每个列表中。代码如下：

for z in w:
    if z[2][0] == 'N':
        z.append(1.55)
    if z[2][0] == 'O':
        z.append(1.52)
    if z[2][0] == 'C':
        z.append(1.7)
    if z[2][0] == 'S':
        z.append(1.8)
    if z[2][0] == 'H':
        z.append(1.2)

但我所需要的只是找出如何为这两条链创建for循环。我的意思是我必须比较A和B的所有原子。每个列表中的槽给出了范德瓦尔斯半径，我需要计算每个列表A的12加上每个列表B的12加0.5，并将其与欧几里得公式进行比较

最终编辑：写了这段代码，但它不工作！基于这个想法，我必须比较链A和链B的每个元素

A_binding = []
B_binding = []
for x,y in zip(Chain_A, Chain_B):
    if x[12] + y[12] + 0.5 > sqrt((float(x[6])-float(y[6]))**2 + (float(x[7])-float(y[7]))**2 + (float(x[8])-float(y[8]))**2):
        A_binding.append(x)
        B_binding.append(y)
print A_binding
print B_binding

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也许这可以帮助你：

您感兴趣的部分是epsilon_vdw_PDB（）[0]。它给出所有原子的范德瓦尔兹值。这个文件来自我最近做的一个项目，是我的老师给我的

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顺便问一下，为什么不做2个for循环呢？一个用于链A，另一个用于链B。我没有尝试您的代码，但A的长度可能与B不同。当您使用zip（）时，我认为（）内的两个对象的长度必须相等（未验证）。

通常，相互作用的原子是使用4埃距离截止来识别的。使用

Bio.PDB

中的

NeighborSearch

。它速度很快，而且会使您的脚本更短。

为什么不使用一些化学信息学库来完成繁重的工作呢？因为我必须编写脚本。我现在要对实际代码做更多的编辑，我做了一些事情，它可能会起作用。

A_binding = []
B_binding = []
for x,y in zip(Chain_A, Chain_B):
    if x[12] + y[12] + 0.5 > sqrt((float(x[6])-float(y[6]))**2 + (float(x[7])-float(y[7]))**2 + (float(x[8])-float(y[8]))**2):
        A_binding.append(x)
        B_binding.append(y)
print A_binding
print B_binding