使用python计算字典中的基因突变

我有以下格式的数据：

>abc12
ATCGACAG

>def34
ACCGACG

等等

我已将每个基因存储到一个字典中，以>开头的行作为值。所以字典就像{'abc12'：'atcgacg'，等等。}

现在我想能够比较每个基因，这样它就能计算出每个位点的A，T，C或G的数量

我唯一能想到的就是将字典分成每个核苷酸位点的列表，并使用带计数器的zip（）。这是最好的方法吗？如果是，我如何将字典分解为每个站点的列表？

使用：

使用：

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有没有理由不使用Biopython

from Bio import AlignIO
alignment =AlignIO.read("alignment.fas", "fasta")
n=0
while n<len(alignment[0]):
    A=alignment[:,n].count('A')
    C=alignment[:,n].count('C')
    G=alignment[:,n].count('G')
    T=alignment[:,n].count('T')
    gap=alignment[:,n].count('-')

    print "at position %s there are %s A's, %s C's, %s G's, %s T's and %s gaps" % (n, A, C, G, T, gap)
    n=n+1

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有没有理由不使用Biopython

from Bio import AlignIO
alignment =AlignIO.read("alignment.fas", "fasta")
n=0
while n<len(alignment[0]):
    A=alignment[:,n].count('A')
    C=alignment[:,n].count('C')
    G=alignment[:,n].count('G')
    T=alignment[:,n].count('T')
    gap=alignment[:,n].count('-')

    print "at position %s there are %s A's, %s C's, %s G's, %s T's and %s gaps" % (n, A, C, G, T, gap)
    n=n+1

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我希望能够像排列一样数数。例如，在位点一，两个基因都有一个A，但在位点二，一个有一个C，一个有一个T。因此，输出值应该是：1:5 A，2 C的2:3 g，4 A。这有意义吗？我想能够像排列一样计数。例如，在位点一，两个基因都有一个A，但在位点二，一个有一个C，一个有一个T。因此，输出会是：1:5A，2c的2:3g，4A，这有意义吗？

from Bio import AlignIO
alignment =AlignIO.read("alignment.fas", "fasta")
n=0
while n<len(alignment[0]):
    A=alignment[:,n].count('A')
    C=alignment[:,n].count('C')
    G=alignment[:,n].count('G')
    T=alignment[:,n].count('T')
    gap=alignment[:,n].count('-')

    print "at position %s there are %s A's, %s C's, %s G's, %s T's and %s gaps" % (n, A, C, G, T, gap)
    n=n+1

at position 0 there are 2 A's, 0 C's, 0 G's, 0 T's and 0 gaps
at position 1 there are 0 A's, 1 C's, 0 G's, 1 T's and 0 gaps
at position 2 there are 0 A's, 2 C's, 0 G's, 0 T's and 0 gaps
at position 3 there are 0 A's, 0 C's, 2 G's, 0 T's and 0 gaps
at position 4 there are 2 A's, 0 C's, 0 G's, 0 T's and 0 gaps
at position 5 there are 0 A's, 2 C's, 0 G's, 0 T's and 0 gaps
at position 6 there are 1 A's, 0 C's, 0 G's, 0 T's and 1 gaps
at position 7 there are 0 A's, 0 C's, 2 G's, 0 T's and 0 gaps