无法获取用于在python中显示的dicom图像

我试图在opencv python中显示一个DICOM图像。我正在使用pydicom库，然后添加API，用DOTNET创建一个完整的DICOM查看器，它运行python（当然，C#使用进程实例调用python！！）。我无法转换或查看未压缩的DICOM图像。每当我尝试加载或修改像素数组时。我收到错误消息

import dicom
import cv2
import numpy
df=dicom.read_file("IM-0001-0002.dcm")
df.pixel_array

Traceback (most recent call last):
File "<pyshell#4>", line 1, in <module>
df.pixel_array
File "C:\Python27\lib\site-packages\dicom\dataset.py", line 394, in pixel_array
return self._get_pixel_array()
File "C:\Python27\lib\site-packages\dicom\dataset.py", line 376, in _get_pixel_array
raise NotImplementedError("Pixel Data is compressed in a format pydicom does not yet          handle. Cannot return array")
NotImplementedError: Pixel Data is compressed in a format pydicom does not yet handle.        Cannot return array

导入dicom
进口cv2
进口numpy
df=dicom.read_文件（“IM-0001-0002.dcm”）
像素阵列
回溯（最近一次呼叫最后一次）：
文件“”，第1行，在
像素阵列
文件“C:\Python27\lib\site packages\dicom\dataset.py”，第394行，像素数组
返回self.\u获取\u像素\u数组（）
文件“C:\Python27\lib\site packages\dicom\dataset.py”，第376行，在\u get\u pixel\u数组中
raise NOTEImplementedError（“像素数据以pydicom尚未处理的格式压缩。无法返回数组”）
NotImplementedError：像素数据以pydicom尚未处理的格式压缩。无法返回数组

请建议我转换图像的好方法，使cv2.imshow（）函数显示图像

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提前谢谢

由于pydicom不支持压缩的dicom文件，因此必须先对其进行解压缩。

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您可以使用来完成此操作。

您可以先使用python GDCM绑定来解压缩文件，例如，请参见您之前必须在RGB中进行转换，请查看单色dicom文件：

#导入必要的软件包
从imutils导入等高线
进口西皮
从脱脂进口措施
导入numpy作为所需的np#数字库
将熊猫作为pd#导入datafrome
导入argparse#简单argparser
导入imutils
为opencv图像识别工具导入cv2#
进口dicom
filename=askopenfilename（）
dicom_文件=dicom.read_文件（文件名）##原始dicom文件
####dicom单色-2文件的像素值介于-2000和+2000之间，opencv不能使用它#####
####在第一步中，我们将这些像素值转换为（R，G，B）
###要在RGB中显示灰色，只需为R、G和B提供相同的值，
####（0,0,0）将为黑色，（255255）将为白色，
##应使用适当的像素分布四分位函数对这三个参数进行自动化
black_threeshold=0 35;###低于0的像素值将为黑色，
white_threeshold=1400####高于1400的像素值将为白色
wt=白色或三色
bt=黑色
######函数将dicom转换为RGB以使用opencv，
##需要大力改进，因为运行需要很多时间，
##线性过程应替换为自适应加权arctan或自适应样条插值。
def DicomtoRGB（dicomfile、bt、wt）：
“”“创建用RGB中的特定颜色填充的新图像（numpy数组）”
#创建黑色空白图像
image=np.zeros（（dicomfile.Rows，dicomfile.Columns，3），np.uint8）
#图像高度和宽度上的循环
i=0
j=0
而iTry pydicom
出现错误的一个原因可能是：使用的.dcm文件可能包含不受支持的格式（例如，对于pydicom，pillow不支持JPEG 2000）。这个问题是可以解决的。我也遇到了同样的问题（我使用的是pydicom而不是dicom），我想你会从解决我问题的解决方案中得到一些指导：

第一平台信息：
我正在使用：pydicom读取.dcm文件，python3.6，Anaconda和Ubuntu，15gbram

解决方案：
使用以下命令安装pydicompip Install-U pydicom

信息可在此处找到：（链接：）

水蟒是必需的。为什么？ 请查看pydicom（）的官方文档，其中提到“要安装pydicom以及压缩像素数据的图像处理程序，我们鼓励您使用Miniconda或Anaconda”

如果您使用的是Ubuntu，请直接打开终端。如果您使用的是Windows，那么在Anaconda Navigator上，从这里转到环境，从终端开始。对其执行以下命令：

pip安装-U git+https://github.com/pydicom/pydicom.git

conda安装pydicom——频道conda forge

conda安装-c conda forge gdcm

交叉核对： 现在重新启动笔记本，然后尝试使用pydicom执行代码。它将显示输出

此外，还可以使用Matplotlib按如下方式显示：

import matplotlib.pyplot as plt
import pydicom
filename = 'IM-0001-0002.dcm'
ds = pydicom.dcmread(filename)
plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)

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我希望这能对你有所帮助。

这个答案毫无意义。第一行

dicom_file=dicom.read_file（filename）##原始dicom文件

将给出OP发布的相同错误。

import matplotlib.pyplot as plt
import pydicom
filename = 'IM-0001-0002.dcm'
ds = pydicom.dcmread(filename)
plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)