Python numpy.memap、熊猫数据帧和seaborn箱线图故障

我正在对几个大数据集（总的来说比我的RAM大得多）进行分析。 为了方便我的工作，我使用

numpy.memmap

加载数据集（在将它们保存到从断层摄影数据集生成的单个.npy文件之后）

从数据集中提取几个值后，我将这些值收集到一个数据框中。 当我查看这些值时，它们会很好地显示出来（例如通过

df.head（）

）

现在我想用类似于

seaborn.boxplot（data=df，x='Treatment'，y='Tumor\u Vol'，hue='Experiment\u Day'）

的东西来可视化这些值，但我得到的错误是

ValueError: List of boxplot statistics and `positions` values must have same the length

在我看来，这是由于内存映射的值，因为当我将数据帧保存到CSV文件并从磁盘加载回数据帧时（这是我当前的解决方法），同样的命令也会起作用

---

因此，由于缺少更好的词汇，有没有一种方法可以取消对映射值的记忆，并将它们作为“真实”值保存到数据帧中？

我遇到了同样的非常奇怪的错误。不过，这只会出现在jupyter笔记本上

我有一个简单的数据框，可以用Swarmlot绘制，但不能用boxplot（在笔记本上，但在终端上使用相同的代码）。这很奇怪，因为其他一些数据帧使用相同的代码绘制得很好

我的数据帧：

    sample  color   right-left  (right-left)/right
0   OPAR19_r1c3     Blue    1   0.000334448
1   OPAR19_r1c3     Green   305     0.255444
2   OPAR19_r1c3     Red     15  0.0205479
3   OPAR19_r2c6     Blue    82  0.028063
4   OPAR19_r2c6     Green   260     0.216847
5   OPAR19_r2c6     Red     14  0.0183246
6   OPAR19_r1c1     Blue    75  0.0251931
7   OPAR19_r1c1     Green   -13     -0.0143488
8   OPAR19_r1c1     Red     10  0.0137741
9   OPAR19_r1c4     Blue    -38     -0.0131579
10  OPAR19_r1c4     Green   117     0.110169
11  OPAR19_r1c4     Red     0   0
12  OPAR19_r1c6     Blue    7   0.00239153
13  OPAR19_r1c6     Green   -3  -0.00295858
14  OPAR19_r1c6     Red     -46     -0.0640669
15  OPAR19_r2c4     Blue    95  0.0315824
16  OPAR19_r2c4     Green   191     0.163668
17  OPAR19_r2c4     Red     36  0.0447761
18  OPAR19_r2c5     Blue    48  0.0164215
19  OPAR19_r2c5     Green   165     0.154639
20  OPAR19_r2c5     Red     -4  -0.00542005
21  OPAR19_r1c5     Blue    199     0.0655468
22  OPAR19_r1c5     Green   262     0.223169
23  OPAR19_r1c5     Red     103     0.141678
24  OPAR19_r1c2     Blue    102     0.0340681
25  OPAR19_r1c2     Green   198     0.179837
26  OPAR19_r1c2     Red     75  0.0955414
27  OPAR19_r2c1     Blue    221     0.0742857
28  OPAR19_r2c1     Green   99  0.108791
29  OPAR19_r2c1     Red     11  0.0147453
30  OPAR19_r2c2     Blue    159     0.0526664
31  OPAR19_r2c2     Green   64  0.0724802
32  OPAR19_r2c2     Red     -21     -0.0276316
33  OPAR19_r2c3     Blue    16  0.00536733
34  OPAR19_r2c3     Green   84  0.0769936
35  OPAR19_r2c3     Red     -49     -0.0639687

此绘图在笔记本上失败，但在python文件上失败

sns.boxplot(data=df_out2,x='color',y='right-left')

以下是错误：

ValueError: List of boxplot statistics and `positions` values must have same the length

虽然使用Swarmlot或stripplot的等效绘图效果良好：

sns.swarmplot(data=df_out2,x='color',y='right-left')

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我也遇到过同样的怪癖。不过，这只会出现在jupyter笔记本上

我有一个简单的数据框，可以用Swarmlot绘制，但不能用boxplot（在笔记本上，但在终端上使用相同的代码）。这很奇怪，因为其他一些数据帧使用相同的代码绘制得很好

我的数据帧：

    sample  color   right-left  (right-left)/right
0   OPAR19_r1c3     Blue    1   0.000334448
1   OPAR19_r1c3     Green   305     0.255444
2   OPAR19_r1c3     Red     15  0.0205479
3   OPAR19_r2c6     Blue    82  0.028063
4   OPAR19_r2c6     Green   260     0.216847
5   OPAR19_r2c6     Red     14  0.0183246
6   OPAR19_r1c1     Blue    75  0.0251931
7   OPAR19_r1c1     Green   -13     -0.0143488
8   OPAR19_r1c1     Red     10  0.0137741
9   OPAR19_r1c4     Blue    -38     -0.0131579
10  OPAR19_r1c4     Green   117     0.110169
11  OPAR19_r1c4     Red     0   0
12  OPAR19_r1c6     Blue    7   0.00239153
13  OPAR19_r1c6     Green   -3  -0.00295858
14  OPAR19_r1c6     Red     -46     -0.0640669
15  OPAR19_r2c4     Blue    95  0.0315824
16  OPAR19_r2c4     Green   191     0.163668
17  OPAR19_r2c4     Red     36  0.0447761
18  OPAR19_r2c5     Blue    48  0.0164215
19  OPAR19_r2c5     Green   165     0.154639
20  OPAR19_r2c5     Red     -4  -0.00542005
21  OPAR19_r1c5     Blue    199     0.0655468
22  OPAR19_r1c5     Green   262     0.223169
23  OPAR19_r1c5     Red     103     0.141678
24  OPAR19_r1c2     Blue    102     0.0340681
25  OPAR19_r1c2     Green   198     0.179837
26  OPAR19_r1c2     Red     75  0.0955414
27  OPAR19_r2c1     Blue    221     0.0742857
28  OPAR19_r2c1     Green   99  0.108791
29  OPAR19_r2c1     Red     11  0.0147453
30  OPAR19_r2c2     Blue    159     0.0526664
31  OPAR19_r2c2     Green   64  0.0724802
32  OPAR19_r2c2     Red     -21     -0.0276316
33  OPAR19_r2c3     Blue    16  0.00536733
34  OPAR19_r2c3     Green   84  0.0769936
35  OPAR19_r2c3     Red     -49     -0.0639687

此绘图在笔记本上失败，但在python文件上失败

sns.boxplot(data=df_out2,x='color',y='right-left')

以下是错误：

ValueError: List of boxplot statistics and `positions` values must have same the length

虽然使用Swarmlot或stripplot的等效绘图效果良好：

sns.swarmplot(data=df_out2,x='color',y='right-left')

---

您可以对感兴趣的数据子集调用

copy

，将其拉入ram。e、 g.

data\u subset=memmap\u data[i:j].copy（）

似乎没有帮助，因为

plot\u copy=df.ix[：，['Tumor\u vol'，'Experiment\u Day'，'Treatment'].copy（）

我仍然得到plot\u copy['Tumor\u vol']中i的类型

。如果你包括一个最小的、完整的、可验证的例子（），我可能能够一起破解一些东西。否则，你很难把你正在尝试的东西和不起作用的东西拼凑起来。我同意如果没有一个不完整的例子，这是非常困难的。我看能否在周一把问题简化成一个完整的例子。有趣的是，当我尝试重新创建它时，问题并没有出现：gist包含一个原始笔记本的精简副本，其中显示了错误和我尝试重新创建它的情况……您只需对感兴趣的数据子集调用

copy

，将其拉入ram。e、 g.

data\u subset=memmap\u data[i:j].copy（）

似乎没有帮助，因为

plot\u copy=df.ix[：，['Tumor\u vol'，'Experiment\u Day'，'Treatment'].copy（）

我仍然得到plot\u copy['Tumor\u vol']中i的类型

。如果你包括一个最小的、完整的、可验证的例子（），我可能能够一起破解一些东西。否则，你很难把你正在尝试的东西和不起作用的东西拼凑起来。我同意如果没有一个不完整的例子，这是非常困难的。我将在周一看看是否可以将问题简化为一个完整的示例。有趣的是，当我尝试重新创建它时，问题并没有出现：摘要包含一份原始笔记本的精简副本，其中显示了错误以及我尝试重新创建它的情况……我实际上意识到这与在笔记本或终端上运行无关。我只是在终端上通过从csv文件加载数据来运行它。因此，如果将我的数据帧保存到csv，然后重新加载，则不会显示错误。这意味着这与数据帧有关，但我不知道这里有什么问题。有什么解决办法吗？我实际上意识到这与在笔记本或终端上运行无关。我只是在终端上通过从csv文件加载数据来运行它。因此，如果将我的数据帧保存到csv，然后重新加载，则不会显示错误。这意味着这与数据帧有关，但我不知道这里有什么问题。有什么解决办法吗？