Python h5py未根据mpi4py正确构建
我正试图用mpi4py构建h5py。我的目的是能够在多个处理器之间共享一个文件。h5py安装在系统上,但可能没有连接到mpi4py的链接。 事实上,当我运行以下示例脚本时:Python h5py未根据mpi4py正确构建,python,build,h5py,mpi4py,Python,Build,H5py,Mpi4py,我正试图用mpi4py构建h5py。我的目的是能够在多个处理器之间共享一个文件。h5py安装在系统上,但可能没有连接到mpi4py的链接。 事实上,当我运行以下示例脚本时: from mpi4py import MPI import h5py rank = MPI.COMM_WORLD.rank # The process ID (integer 0-3 for 4-process run) f = h5py.File('parallel_test.hdf5', 'w', driver='
from mpi4py import MPI
import h5py
rank = MPI.COMM_WORLD.rank # The process ID (integer 0-3 for 4-process run)
f = h5py.File('parallel_test.hdf5', 'w', driver='mpio', comm=MPI.COMM_WORLD)
dset = f.create_dataset('test', (4,), dtype='i')
dset[rank] = rank
f.close()
我收到错误消息:
Traceback (most recent call last):
File "h5py_example.py", line 6, in <module>
f = h5py.File('parallel_test.hdf5', 'w', driver='mpio', comm=MPI.COMM_WORLD)
File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 259, in __init__
fapl = make_fapl(driver, libver, **kwds)
File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/h5py/_hl/files.py", line 61, in make_fapl
kwds.setdefault('info', mpi4py.MPI.Info())
NameError: global name 'mpi4py' is not defined
但这给了我以下问题:
error: option --mpi not recognized
我还尝试了使用自制软件和pip进行安装
(希望mpi4py已自动链接)
没有成功
如何正确安装并行h5py
python setup.py configure--mpi--hdf5=/path\u parallel\u hdf5\u lib/
python setup.py build
python setup.py安装——前缀=/wheretoinstall\u h5py
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/wheretoinstall\u h5py
您可能还需要预安装cython这可能很明显(我不懂Python),但您能否解释一下为什么OP应该使用“配置”而不是“构建”?您能否报告从一开始安装的步骤?我已经下载了带有hdf5的tar存档文件。对不起,我的意思是你应该将刚才对Helios83发表评论的信息加入到你的答案中。@BSMP,好的,(我第一次在stackoverflow上发布)@Jaylin,看起来anaconda版本不是为MPI设置的。我也有同样的问题,使用apt安装的软件包。维护人员也应处理此问题。
error: option --mpi not recognized