R metaMDS的绘图点

我将使用不同的符号绘制

metaMDS

的点。我会对这些地点进行分类，并用不同的符号将其绘制成点

我有89个站点，我会将它们分成11组，然后进行绘图

你知道我怎么做吗

---

非常感谢。

这里有一个简单的例子，在素食者中使用基本图。关于这个问题，我的报告中有更多的细节。关键是为11个组创建一组打印字符（

pchs

如下），然后使用包含组成员资格的系数（

grps

如下）索引该组字符

require（“素食主义者”）
数据（沙丘）
种子集（123）
sol有一个
点
方法用于
metaMDS
对象，您将使用该方法。这是一个素食主义者的FAQ，而Gavin Simpson（一个素食主义者的作者）可能会比这里的任何答案更能帮助你。“约书亚布莱恩，我会认为这是一个可以回答的答案。我把我的博客文章的一个简短的版本作为答案，主要是为了说明我将如何通过GGVEGRAN包使用GGTRAP。
require("vegan")
data(dune)

set.seed(123)
sol <- metaMDS(dune)

pchs <- 1:11
grps <- factor(sample(LETTERS[1:11], nrow(dune), replace = TRUE))
## note that not all 11 groups are included in this sample
## but this is just for show - you will have a variable containing
## the group membership data

plot(sol, type = "n", display = "sites")
points(sol, display = "sites", pch = pchs[grps])

require("ggvegan")
scrs <- fortify(sol)
scrs <- subset(scrs, subset = Score == "sites")
## ggplot doesn't like more than 6 groups for shape
grps <- factor(sample(LETTERS[1:6], nrow(dune), replace = TRUE))
scrs <- cbind(scrs, Group = grps) ## add on the group variable

## do the plot
ggplot(scrs, aes(x = Dim1, y = Dim2, shape = Group, colour = Group)) + 
  geom_point() + coord_fixed()