R中的多箱线图
我有如下基因表达数据:R中的多箱线图,r,ggplot2,data-visualization,boxplot,R,Ggplot2,Data Visualization,Boxplot,我有如下基因表达数据: Control Treatment L1 L2 L1 L2 g1 10.5 12 13 14 g2 11 13 10.5 12 g3 10 9 11 10 g4 9 8 6 5 g5 16 4
Control Treatment
L1 L2 L1 L2
g1 10.5 12 13 14
g2 11 13 10.5 12
g3 10 9 11 10
g4 9 8 6 5
g5 16 4 4 6
g6 11 12 5 4
g7 10 6 13 12
g8 5 4 12 12
g9 11 12 10 11.5
g10 8.9 7.8 7.6 5.8
其中,行代表基因,有两个条件“控制”和“治疗”,这两个条件进一步细分为“L1”、“L2”和“L1”和“L2”
我想用以下方式制作这些表达式值的箱线图,并将它们表示为箱线图
x
V1 V2 V3 V4 V5
1 g1 10.5 12.0 13.0 14.0
2 g2 11.0 13.0 10.5 12.0
3 g3 10.0 9.0 11.0 10.0
4 g4 9.0 8.0 6.0 5.0
5 g5 16.0 4.0 4.0 6.0
6 g6 11.0 12.0 5.0 4.0
7 g7 10.0 6.0 13.0 12.0
8 g8 5.0 4.0 12.0 12.0
9 g9 11.0 12.0 10.0 11.5
10 g10 8.9 7.8 7.6 5.8
x.m<-melt(x, id.var="V1")
x.m$control<-ifelse(x.m$variable %in% c("V2", "V3"), "Control","Treatment")
x.m$L<-ifelse(x.m$variable %in% c("V2", "V4"), "L1","L2")
ggplot(x.m, aes(x=L,y=value, fill=control))+geom_boxplot()
x
V1 V2 V3 V4 V5
1 G110.5 12.0 13.0 14.0
2 g2 11.0 13.0 10.5 12.0
3 g3 10.0 9.0 11.0 10.0
4 g4 9.0 8.0 6.0 5.0
5G516.044.046.0
6 g6 11.0 12.0 5.0 4.0
7 g7 10.0 6.0 13.0 12.0
8G8 5.0 4.0 12.0 12.0
9 g9 11.0 12.0 10.0 11.5
10 g10 8.9 7.8 7.6 5.8
x、 mx
V1 V2 V3 V4 V5
1 G110.5 12.0 13.0 14.0
2 g2 11.0 13.0 10.5 12.0
3 g3 10.0 9.0 11.0 10.0
4 g4 9.0 8.0 6.0 5.0
5G516.044.046.0
6 g6 11.0 12.0 5.0 4.0
7 g7 10.0 6.0 13.0 12.0
8G8 5.0 4.0 12.0 12.0
9 g9 11.0 12.0 10.0 11.5
10 g10 8.9 7.8 7.6 5.8
x、 首先准备melted中的变量数据,包括基因型、对照治疗、L1L2、值…(提示restrape2
package,melt()
然后我们将进一步@Ananta:当我有两个条件时,我知道要重塑它,但不确定它在这里是如何工作的。在每个数据框中添加一列,标识控制/治疗,然后RBIND首先准备MELD中的数据,变量为基因型、控制治疗、L1L2、值…(提示重塑2
包,melt()
然后我们将进一步@Ananta:我知道当我有两种情况时要对其进行重塑,但不确定它在这里是如何工作的。在每个数据框中添加一列,标识控制/治疗,然后rbind