R “ape”系统发育gls-警告信息，数据顺序与树不同

您好–我正在对蜥蜴数据进行系统发育分析。我已将一棵系统发育树导入R中的“ape”包中。对于两个物种，我缺少数据，因此我使用drop.tip函数将树数据与物种特征数据进行匹配，方法如下：

tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Green”)
tree.anole <- drop.tip(tree.anole, “Brown”)

然而，当我尝试运行系统发育gls时，我会收到一条警告/错误消息。下面是代码和发生的情况：

tree <- tree.anole
bm.anole <- corBrownian(phy=tree)
XY <- data.frame(Y,  X)
Z <- gls(Y ~ X, correlation=corBrownian(phy=tree), data = XY

Warning message:
In Initialize.corPhyl(X[[1L]], …) :
   Rownames in data frame do not match tree tip names; data taken to be in the same order as in tree

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我猜gls函数没有考虑前面提到的drop.tip命令。是否有方法对此进行编码，以便gls将数据帧与树匹配，同时考虑缺少数据的两个物种？提前感谢。

阅读错误消息：它表示数据帧的行名称与树的提示名称不匹配。这是因为数据帧没有行名。您可以使用row.namesXY设置行名称。考虑到drop.tip命令，您毕竟覆盖了树。您的数据帧看起来像什么？你能发布dputheadXY的输出吗？嗨–这里是输出：>dputheadXY structurelistY=c0.315,0.3,0.298,0.305,0.188,0.21,X=c1.2,1.24,1.4,1.48,0.95,1.02，.Names=c“Y”，“X”，row.Names=cNA，6L，class=“data.frame”树中有16种，我有14的数据。我试过了，但仍然得到了相同的警告信息：当我检查数据框XY时，行的编号是1-14。但是，我的树梢具有物种名称，因此是否需要重命名数据框行名称以匹配树梢名称？当我试着这样做的时候➢row.namesXY@GTC是的，您确实需要重命名dataframe行名称以匹配树提示名称。否则，该函数如何知道哪些值与树的哪个尖端匹配？它只会假设您的数据与树的提示顺序相同。要设置行名称，必须传递物种名称向量。也就是说，红色、有翼、白色等，而不是红色、有翼、白色。您可能应该检查以下内容：@GTC很高兴我能提供帮助，您可以通过点击答案旁边的复选标记将问题标记为已回答