运行R文件以从命令行（终端）呈现bookdown输出

我正试图从命令行运行一个R文件（从终端——在macOS 10.13.3上）

按照中的说明，我添加了

#！[path/to/file.R]

作为R文件的第一行

然后，当我在终端中键入

Rscript[path/to/file.R]

时，要测试其工作情况的文件的一部分似乎正在运行（我添加了

print（）

语句），但是，下一行：

rmarkdown:：render\u站点（输出格式='bookdown:：pdf\u book'，编码='UTF-8'）

导致此错误的原因：

Error in rmarkdown::render_site(output_format = "bookdown::pdf_book",  : 
  No site generator found.

为什么

print（）

语句似乎工作正常，但这一行（用于呈现bookdownbook）却工作不正常

---

我试图运行的文件位于GitHub上

您可以使用这样一个简单的脚本，例如保存到

compile.book.sh

#!/bin/sh

## Get the path to the book
BOOK_PATH=$1

## Get the current path
CURRENT_PATH=$(pwd)

## Get to the right path
cd ${BOOK_PATH}

## Compile the book
R -e 'rmarkdown::render_site(output_format = 'bookdown::pdf_book', encoding = 'UTF-8')'

## Get back to the previous path
cd ${CURRENT_PATH}

然后，您可以从机器中的任何位置（从终端）执行编译，如下所示：

---

使用

path/to/Rfolder

作为

index.Rmd

所在的文件夹。

例如，您可以使用这样一个简单的脚本保存到

compile.book.sh

#!/bin/sh

## Get the path to the book
BOOK_PATH=$1

## Get the current path
CURRENT_PATH=$(pwd)

## Get to the right path
cd ${BOOK_PATH}

## Compile the book
R -e 'rmarkdown::render_site(output_format = 'bookdown::pdf_book', encoding = 'UTF-8')'

## Get back to the previous path
cd ${CURRENT_PATH}

然后，您可以从机器中的任何位置（从终端）执行编译，如下所示：

由于

path/to/Rfolder

是您的

index.Rmd

所在的文件夹。

对于Markdown，我在的示例目录中放置了以下内容大约1 1/2年，并使用它渲染了数百次

注意，它调用了

rmarkdown:：render（）

，但您需要一种bookdown格式，因此我认为您可能需要编写一个非常类似的脚本，调用

bookdown:：render\u book（）

或类似的函数

当然，您可以完全按照Makefiles中的一行程序进行操作，很多人都是这样做的。下面是一个将所有Rmd文件映射到pdf文档的文件（这是我的标准工作流程，我不做太多html）：

sources:=$（通配符*.Rmd）
幻灯片：=$（来源：.Rmd=.pdf）
全部：${slides}
%.pdf:%.Rmd
Rscript-e“rmarkdown:：render（\”$对于Markdown，我在的示例目录中使用了大约1 1/2年，并使用它渲染了数百次

注意，它调用了
rmarkdown:：render（）
，但您需要一种bookdown格式，因此我认为您可能需要编写一个非常类似的脚本，调用
bookdown:：render\u book（）
或类似的函数

当然，您可以完全按照Makefiles中的一行程序进行操作，许多人都可以这样做。下面是一个将所有Rmd文件映射到pdf文档的程序（这是我的标准工作流程，我不做太多html）：

sources:=$（通配符*.Rmd）
幻灯片：=$（来源：.Rmd=.pdf）
全部：${slides}
%.pdf:%.Rmd
Rscript-e“rmarkdown:：render（\”$
sources :=              $(wildcard *.Rmd)
slides :=               $(sources:.Rmd=.pdf)

all:                    ${slides}

%.pdf:                  %.Rmd
                        Rscript -e "rmarkdown::render(\"$<\", clean=TRUE)"