选择至少在R中的2列中存在条件的行

我有一个大数据集，其中有一列基因名称和4列检测方法（在本例中，我称它们为X1、X2、X3和X4）。我想用至少2种检测方法选择基因所在的行。该表的示例如下：

表格：
行基因X1 X2 X3 X4
1A1000
2 A 0 0 1 0
3 A 0 1 0 0
4B00110
5B00110
6C001
7 D 0 0 1 0
8 D 0 1 0 0
9 D 0 1 0 0
10 E 0 0 1 0
11 E 0 0 1 0

总之，我想选择第1、2、3行（方法X1、X2和X3检测到基因A）和第7、8、9行，其中方法X2和X3检测到基因D

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感谢您的帮助。

要显示哪些基因是通过两种或两种以上的方法检测到的，这将起作用

简短版本： 如果

zz

是您的data.frame，则：

yy <- by(zz, zz$Gene, function(dat) {sum(apply(dat[,-c(1,2)], 2, any)) >= 2} )
zz[zz$Gene %in% which(yy),]

给予

及

给予

所以

给予

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您可以使用

rowsum

和

rowsum

查找具有多个方法的行，并使用%中的

%查找匹配的行

x <- rowSums(rowsum(zz[3:6], zz[,2]) > 0) > 1
zz$Row[zz$Gene %in% names(x[x])]
#[1] 1 2 3 7 8 9

x0）>1
zz$行[zz$基因%在%名称中（x[x]）]
#[1] 1 2 3 7 8 9
您能分享一些您已经尝试过的代码吗？通常，您可以只计算每个基因X1:X4的总和，然后在总和大于等于2的行/基因上进行过滤。另一种方法是只计算列“基因”，因为一个基因的出现次数似乎与检测到的次数相同，即基因a检测3次，基因C仅检测一次。请注意，在OP的示例中，应该给出正匹配的基因是a和D，它们的行加起来都是1，而不是2。谢谢Jason！它工作得很好，我只是在%中更改==按%，因为我得到了警告“较长的对象长度不是较短对象长度的倍数”，该警告在%fixedWhoops中为%。复制和粘贴时间错误。谢谢你的帮助。
which(yy)  # equivalent to which(yy == TRUE)

A D 
1 4 

names(which(yy))

[1] "A" "D"

zz[zz$Gene %in% names(which(yy)),]

  Row Gene X1 X2 X3 X4
1   1    A  1  0  0  0
2   2    A  0  0  1  0
3   3    A  0  1  0  0
7   7    D  0  0  1  0
8   8    D  0  1  0  0
9   9    D  0  1  0  0

x <- rowSums(rowsum(zz[3:6], zz[,2]) > 0) > 1
zz$Row[zz$Gene %in% names(x[x])]
#[1] 1 2 3 7 8 9