绘制ROC曲线并计算特定截止信息下R的AUC

鉴于这些数据： SN=灵敏度； SP=特异性

Cutpoint        SN   1-SP
       1       0.5    0.1
       2       0.7    0.2
       3       0.9    0.6

如何绘制ROC曲线并计算AUC。并比较两种不同ROC曲线之间的AUC。在大多数包（如pROC或ROCR）中，数据的输入与上面显示的不同。有人能建议用R或其他方法解决这个问题吗

ROCsdat <- data.frame(cutpoint = c(5, 7, 9), TPR = c(0.56, 0.78, 0.91), FPR = c(0.01, 0.19, 0.58))

## plot version 1
op <- par(xaxs = "i", yaxs = "i")
plot(TPR ~ FPR, data = dat, xlim = c(0,1), ylim = c(0,1), type = "n")
with(dat, lines(c(0, FPR, 1), c(0, TPR, 1), type = "o", pch = 25, bg = "black"))
text(TPR ~ FPR, data = dat, pos = 3, labels = dat$cutpoint)
abline(0, 1)
par(op)

---

ROCsdat我想你可以手动计算：

dat <- data.frame(tpr=c(0, .5, .7, .9, 1), fpr=c(0, .1, .2, .6, 1))
sum(diff(dat$fpr) * (dat$tpr[-1] + dat$tpr[-length(dat$tpr)]) / 2)
# [1] 0.785

dat首先，我建议您访问当地的图书馆，找到一本关于R的介绍性书籍。在编写自己的代码之前，有一个坚实的基础是很重要的，在不真正理解什么是手段的情况下复制粘贴在internet上找到的代码最多也是有风险的

关于你的问题，我相信（0,0）和（1,1）坐标是ROC曲线的一部分，所以我将它们包括在数据中：

ROCsdat <- data.frame(cutpoint = c(-Inf, 5, 7, 9, Inf), TPR = c(0, 0.56, 0.78, 0.91, 1), FPR = c(0, 0.01, 0.19, 0.58, 1)) 

策划
我想你基本上掌握了阴谋，尽管我会写得稍有不同：

plot(TPR ~ FPR, data = ROCsdat, xlim = c(0,1), ylim = c(0,1), type="b", pch = 25, bg = "black")
text(TPR ~ FPR, data = ROCsdat, pos = 3, labels = ROCsdat$cutpoint)
abline(0, 1, col="lightgrey")

比较
为了进行比较，假设您在
auc1
和
auc2
中有两个auc。if/else语法如下所示：

if (auc1 < auc2) {
    cat("auc1 < auc2!\n")
} else if (auc1 == auc2) {
    cat("aucs are identical!\n")
} else {
    cat("auc1 > auc2!\n")
}

if（auc1auc2！\n”）
}
您是否只有这三点？如果您的数据与这些函数所使用的数据不同，那么请操作您的数据。要计算AUC，可以使用
Hmisc:：somers2
。比较ROC曲线之间的AUC是不可取的。例如，我只给出了三个点，但我至少有六个截止点，每个截止点都有敏感性和特异性。好的，ROC曲线在x轴上有
1-特异性
，在y轴上有
敏感性
。您是否尝试过绘制？我在绘制它们时没有问题，但无法计算AUC？数据是否已加载（例如在数据框中）或是否已保存在文件中？能否详细解释此AUC的公式？以及我们如何比较两条ROC曲线的AUC来给出p值。谢谢！！我在计算ROC曲线各段的面积（每段都是梯形）。是的，我明白了！！。。你能帮我比较一下吗？？比较两条ROC曲线的AUC？非常感谢您的帮助和代码。在AUC的比较中，我看到人们进行了非参数比较，如下链接所示。你能帮我一下吗？？？@RamT@RamT我相信你是根据一些数据生成了sn/sp的。使用这些数据作为您在问题中提到的其中一个包的输入。好的……我会试试这个！！
if (auc1 < auc2) {
    cat("auc1 < auc2!\n")
} else if (auc1 == auc2) {
    cat("aucs are identical!\n")
} else {
    cat("auc1 > auc2!\n")
}