如何在R中设置for循环

我是一名生物学家，编程知识较少。我有一系列文件（fasta格式文件），我需要为它们应用一个R包

每个文件的内容如下：

文件_1.FASTA

>>TTBK2_Hsap ,(CK1/TTBK)
MSGGGEQLDILSVGILVKERWKVLRKIGGGGFGEIYDALDMLTRENVALKVESAQQPKQVLKMEVAVLKKLQGKDHVCRFIGCGRNDRFNYVVMQLQGRNLADLRRSQSRGTFT

文件2.FASTA

>>TTBK2_Hsap ,(CK1/TTBK)
MSGGGEQLDILSVGILVKERWKVLRKIGGGGFGEIYDALDMLTRENVALKVESAQQPKQVLKMEVAVLKKLQGKDHVCRFIGCGRNDRFNYVVMQLQGRNLADLRRSQSRGTFT

软件包（R中的protr）的工作原理如下：

x = readFASTA(system.file(’protseq/P00750.fasta’, package = ’protr’))[[1]]

extractAAC(x)

write("", file="combined.fasta")  # make sure the file exists before appending
for (fileName in dir(pattern='.fasta')) {
    x = readFASTA(system.file(fileName, package = ’protr’))[[1]]
    # do stuff to x
    write(x, file="combined.fasta", append=TRUE)
}

是否有可能为上述行设置一个forloop来读取多个文件并在一个文件中给出输出

---

如果可能的话，请给我一些想法或任何可以帮助我在R中设置for循环的示例。

您可以像这样直接使用for循环：

x <- list() # an empty list

for(f in yourFileList) {
  x[[which(yourFileList==f)]] <- readFASTA(system.file(f,package='protr'))[[1]]
}

---

x这里有两件稍微复杂的事情；一个是循环，另一个是将所有结果写入文件

首先，如果您要做的只是将所有的
fasta
文件合并到一个文件中，那么从
bash
终端执行操作要比在
R
终端中容易得多：

cat *.fasta > combined.fasta

但是要回答
R
的问题，您的循环可以如下所示：

x = readFASTA(system.file(’protseq/P00750.fasta’, package = ’protr’))[[1]]

extractAAC(x)

write("", file="combined.fasta")  # make sure the file exists before appending
for (fileName in dir(pattern='.fasta')) {
    x = readFASTA(system.file(fileName, package = ’protr’))[[1]]
    # do stuff to x
    write(x, file="combined.fasta", append=TRUE)
}

这是很有可能做到的。使用的一个好策略是编写一个函数，封装您希望对每个FASTA文件执行的操作：

# fasta is a string that represents the fasta file to be read.
read_and_extract <- function(fasta){
    seq <- readFASTA(fasta)[[1]]
    return(extractAAC(seq))
}

使用
dir
命令，可以获取该目录中存在的所有文件名

fasta_files <- dir(pattern = "[.]fasta$")

这将生成一个矩阵，列为每个fasta文件，行为每个氨基酸。现在我们可以将其保存为简单的csv文件：

write.csv(aa_comp, file = "amino_acid_composition.csv")


vapply的详细信息
vapply
函数是为R中的

循环执行

的一种奇特的方法（大多数情况下速度更快）。起初它看起来有点混乱，但如果您知道您的输出将是什么，它会非常有效。让我们看看这些论点：

>vapply（Argument1、Argument2、Argument3）


参数1：要循环的向量（
fasta\u文件
）
参数2：应用于向量的每个元素的函数（
read\u和\u extract
）
论证3：预期输出（
rep（pi，20）
）

最后一个参数最初最难理解，但它是我们预期输出的代表向量。在这种情况下，
extractAAC
的文档说明它返回长度为20的数字向量。命令
rep（pi，20）
告诉R复制数字
pi
20次，从而给出长度为20的数字向量

有更通用的
vapply
版本可以返回任何类型的输出。请参阅
帮助（“vapply”）
以了解有关这些的详细信息。
您可能需要类似于
lappy（dir（pattern='.fasta'）、readFASTA）的内容
，但我不熟悉此软件包，因此您可能需要使用代码才能使其正常工作。非常感谢您的精彩解释。。。它像一个符咒一样起作用：-）我能像氨基酸组成一样快速地生成行和列吗？确实可以！你想做的就是去做。只需在R中使用函数
t（）
就可以做到这一点，就像这样：
transposed\u矩阵