R:致命错误:为';创建临时文件-e';失败

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R版本3.5.1(2018-07-02)平台:x86_64-apple-darwin15.6.0 (64位)运行于:macOS High Sierra 10.13.3

以R表示的输出:

致命错误:为'-e'创建临时文件失败


我如何解决这个问题?谢谢大家!

您能否确认基于
Seurat
包含的样本数据的代码是否有效

例如,以下各项是否有效

library(parallel)
makeCluster(detectCores() - 1)
库(Seurat)

res出现
parallel
包,将tmp文件保存到/var/tmp/。错误
致命错误:为'-e'创建临时文件失败
似乎与此位置的访问问题有关。我可以通过启用此文件夹的权限来解决此问题(在我的例子中,是通过在Docker/Singularity图像中装载该位置)。

它还显示了致命错误。这就是为什么我不能找出哪里出了问题。这可能不是因为修拉方案;相反,这可能是因为我在R或Mac中的设置?@realm是的,可能存在更大/不同的问题。错误发生后,能否运行
traceback()
,并将输出包含在原始问题中?以下是输出:6:socketConnection(“localhost”,port=port,server=TRUE,blocking=TRUE,open=“a+b”,timeout=timeout)5:newPSOCKnode(名称[[i]],选项=options,秩=i)4:makePSOCKcluster(名称=spec,…)3:并行::MakEcLuxScript(No.Cype)2:RegressOutResid(Object=Val.to.ReCase= Gun.Us.UMI= U.UMI,Multudio .Auth= Multudio .Apple,DePase.Posie= DePase.Debug,Do.Par=do.PAR,No.Cype=No.Car)1:ScaleData(Obj= PBMC,Val.to.ReCress=C(“NUMI”,“%.MITO”))@域不在注释中发布代码/错误(注释是暂时的)。我已将
回溯
输出添加到您的原始帖子中。@realm因此,似乎在使用
并行
设置并行化时产生了错误。
makeCluster(detectCores()-1)
在R终端中提供了什么?
library(parallel)
makeCluster(detectCores() - 1)
library(Seurat)
res <- ScaleData(object = pbmc_small, vars.to.regress = c("nUMI"))
#Regressing out: nUMI
#  |======================================================================| 100%
#Time Elapsed:  2.64941716194153 secs
#Scaling data matrix
#  |======================================================================| 100%