根据GRanges对象的名称对其排序

我正在尝试根据Granges对象的名称对其进行排序

我有一个GRanges对象，genome.ref，它的间隔是随机的

seqnames(genome.ref)
factor-Rle of length 3141 with 5 runs
Lengths:   724   844    86   722   765
Values : CHR02 CHR04 CHR01 CHR03 CHR05
Levels(5): CHR02 CHR04 CHR01 CHR03 CHR05

如果我使用sort，R将根据值进行排序，但不是按字母数字顺序：

sort(genome.ref)

生成的Granges对象将首先有所有CHR02间隔，然后是CHR04，然后是CHR01等，而不是随机分组，但顺序不会是基于seqlevels的字母数字顺序（即CHR01间隔不会排在第一位）

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如何使用sort命令将顺序指定为字母数字？

在创建

genome.ref

时，在genomeranges包中使用

sortSeqlevels

函数可能是最简单的。这巧妙地去除了任何“chr”前缀，还处理了罗马数字和X/Y染色体

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否则，您最好使用

seqinfo（genome.ref，new2old=mapping）创建一个新的注释。您应该发布
dput（genome.ref）
的输出以及预期处理该类对象的包的库调用。谢谢，我已经按照您的建议完成了。在我的特殊情况下，在seqinfo中指定正确的顺序更容易。SortSeqLevel是在调用Granges（）时指定的选项还是单独的函数？