使用R中的magick软件包从16位tiff图像中获取像素值_R_Imagemagick_Wolfram Mathematica_Tiff

使用R中的magick软件包从16位tiff图像中获取像素值

r imagemagick wolfram-mathematica

使用R中的magick软件包从16位tiff图像中获取像素值,r,imagemagick,wolfram-mathematica,tiff,R,Imagemagick,Wolfram Mathematica,Tiff,有人知道如何使用R中的magick软件包从16位tiff图像中获取每个通道（RGB）的像素值吗？目前我正在使用Mathematica来执行此操作，因为我找不到在Mathematica中执行此操作的等效方法我尝试从image magick软件包中读取像素值，结果是原始类型（例如“ff”）。我使用函数rawToNum（package“pack”）将原始类型转换为数字，结果与我在Mathematica中使用ImageDate函数获得的结果非常接近，但并不完全相同。我对R知之甚少，但我想您可以使用sy

有人知道如何使用R中的magick软件包从16位tiff图像中获取每个通道（RGB）的像素值吗？目前我正在使用Mathematica来执行此操作，因为我找不到在Mathematica中执行此操作的等效方法

我尝试从image magick软件包中读取像素值，结果是原始类型（例如“ff”）。我使用函数rawToNum（package“pack”）将原始类型转换为数字，结果与我在Mathematica中使用ImageDate函数获得的结果非常接近，但并不完全相同。

我对

知之甚少，但我想您可以使用

system（）来“壳出”并执行外部命令

之类的

如果，那么，也许你可以用这个。首先，让我们制作一个16位TIFF文件，它是一个从红蓝到宽10像素、高1像素的渐变：

convert -size 10x1 gradient:red-blue image.tiff

现在我们可以使用ImageMagick将像素转储到文件中：

convert image.tiff rgb:image.rgb

# Now check its length - yes, 60 bytes = 10 pixels with 2 bytes each for RG &B
ls -l image.rgb
-rw-r--r--  1 mark  staff  60 11 Jul 10:32 image.rgb

我们也可以这样将数据写入

stdout

：

convert image.tiff rgb:-

convert image.tiff rgb: | od -An -tuS | awk '{for(i=1;i<=NF;i++){print $i}}'
65535
0
0
58253
0
7282
50972
0
14563
43690
0
21845
36408
0
29127
29127
0
36408
21845
0
43690
14563
0
50972
7282
0
58253
0
0
65535

还可以用每行1个像素（6字节）来查看它

我希望您可以在

中执行类似操作，包括：

system("convert image.tif rgb:-")

另一种转储像素的方法可能是使用

Perl

对整个文件进行压缩，然后解压包含的未签名短片，并每行打印一条：

convert image.tiff rgb: | perl -e 'my $str=do{local $/; <STDIN>}; print join("\n",unpack("v*",$str)),"\n";'

查看数据的另一种方式可能是使用

od

和

awk

如下：

convert image.tiff rgb:-

convert image.tiff rgb: | od -An -tuS | awk '{for(i=1;i<=NF;i++){print $i}}'
65535
0
0
58253
0
7282
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0
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29127
29127
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14563
0
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7282
0
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convert image.tiff rgb:| od-An-tuS | awk'{for（i=1；i我对R
知之甚少，但我想您可以使用system（）
或类似的方法“退出”并执行外部命令
如果，那么，也许你可以使用这个。首先，让我们制作一个16位TIFF文件，它是一个从红到蓝的渐变，只有10像素宽，1像素高：
convert -size 10x1 gradient:red-blue image.tiff


现在我们可以使用ImageMagick将像素转储到文件中：
convert image.tiff rgb:image.rgb

# Now check its length - yes, 60 bytes = 10 pixels with 2 bytes each for RG &B
ls -l image.rgb
-rw-r--r--  1 mark  staff  60 11 Jul 10:32 image.rgb

我们也可以这样将数据写入stdout
：
convert image.tiff rgb:- 

convert image.tiff rgb: | od -An -tuS | awk '{for(i=1;i<=NF;i++){print $i}}'
65535
0
0
58253
0
7282
50972
0
14563
43690
0
21845
36408
0
29127
29127
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36408
21845
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43690
14563
0
50972
7282
0
58253
0
0
65535

还可以用每行1个像素（6字节）来查看它
我希望您可以在R
中执行类似操作，包括：
system("convert image.tif rgb:-")


另一种转储像素的方法可能是使用Perl
对整个文件进行压缩，然后解压包含的未签名短片，并每行打印一条：
convert image.tiff rgb: | perl -e 'my $str=do{local $/; <STDIN>}; print join("\n",unpack("v*",$str)),"\n";'


查看数据的另一种方式可能是使用od
和awk
如下：
convert image.tiff rgb:- 

convert image.tiff rgb: | od -An -tuS | awk '{for(i=1;i<=NF;i++){print $i}}'
65535
0
0
58253
0
7282
50972
0
14563
43690
0
21845
36408
0
29127
29127
0
36408
21845
0
43690
14563
0
50972
7282
0
58253
0
0
65535

convert image.tiff rgb:| od-An-tuS | awk'{for（i=1；i在ImageMagick中，可能更简单的方法是使用txt:output格式
使用Mark Setchell的图像：
convert -size 10x1 gradient:red-blue image.tiff

使用TXT:as
convert image.tiff txt: | sed -n 's/^.*[(]\(.*\)[)].*[#].*$/\1/p'

产生：
65535,0,0
58253,0,7282
50972,0,14563
43690,0,21845
36408,0,29127
29127,0,36408
21845,0,43690
14563,0,50972
7282,0,58253
0,0,65535

0,0: (65535,0,0)
1,0: (58253,0,7282)
2,0: (50972,0,14563)
3,0: (43690,0,21845)
4,0: (36408,0,29127)
5,0: (29127,0,36408)
6,0: (21845,0,43690)
7,0: (14563,0,50972)
8,0: (7282,0,58253)
9,0: (0,0,65535)

或者使用TXT:包含像素坐标
convert image.tiff txt: | sed -n 's/^\(.*[)]\).*[#].*$/\1/p'

产生：
65535,0,0
58253,0,7282
50972,0,14563
43690,0,21845
36408,0,29127
29127,0,36408
21845,0,43690
14563,0,50972
7282,0,58253
0,0,65535

0,0: (65535,0,0)
1,0: (58253,0,7282)
2,0: (50972,0,14563)
3,0: (43690,0,21845)
4,0: (36408,0,29127)
5,0: (29127,0,36408)
6,0: (21845,0,43690)
7,0: (14563,0,50972)
8,0: (7282,0,58253)
9,0: (0,0,65535)

在ImageMagick中，一种稍微简单的方法可能是使用txt:output格式
使用Mark Setchell的图像：
convert -size 10x1 gradient:red-blue image.tiff

使用TXT:as
convert image.tiff txt: | sed -n 's/^.*[(]\(.*\)[)].*[#].*$/\1/p'

产生：
65535,0,0
58253,0,7282
50972,0,14563
43690,0,21845
36408,0,29127
29127,0,36408
21845,0,43690
14563,0,50972
7282,0,58253
0,0,65535

0,0: (65535,0,0)
1,0: (58253,0,7282)
2,0: (50972,0,14563)
3,0: (43690,0,21845)
4,0: (36408,0,29127)
5,0: (29127,0,36408)
6,0: (21845,0,43690)
7,0: (14563,0,50972)
8,0: (7282,0,58253)
9,0: (0,0,65535)

或者使用TXT:包含像素坐标
convert image.tiff txt: | sed -n 's/^\(.*[)]\).*[#].*$/\1/p'

产生：
65535,0,0
58253,0,7282
50972,0,14563
43690,0,21845
36408,0,29127
29127,0,36408
21845,0,43690
14563,0,50972
7282,0,58253
0,0,65535

0,0: (65535,0,0)
1,0: (58253,0,7282)
2,0: (50972,0,14563)
3,0: (43690,0,21845)
4,0: (36408,0,29127)
5,0: (29127,0,36408)
6,0: (21845,0,43690)
7,0: (14563,0,50972)
8,0: (7282,0,58253)
9,0: (0,0,65535)

谢谢大家。我找到的最好答案是我的一个学生用光栅包给出的：
library(raster)
img <- stack(filename)
x <- as.matrix(raster(img, 1)) # here we specify the layer 1, 2 or 3

库（光栅）
img谢谢大家。我找到的最好答案是我的一个学生用光栅包给出的：
library(raster)
img <- stack(filename)
x <- as.matrix(raster(img, 1)) # here we specify the layer 1, 2 or 3

库（光栅）
img您还可以使用magick
软件包以数字数组的形式访问像素
library(magick)

tiger <- image_read('http://jeroen.github.io/images/tiger.svg')
tiger_tiff <- image_convert(tiger, "tiff")

# Access data in raw format and convert to integer
tiger_array <- as.integer(tiger_tiff[[1]])

您还可以使用magick
软件包以数字数组的形式访问像素
library(magick)

tiger <- image_read('http://jeroen.github.io/images/tiger.svg')
tiger_tiff <- image_convert(tiger, "tiff")

# Access data in raw format and convert to integer
tiger_array <- as.integer(tiger_tiff[[1]])

您尝试过R中的tiff
包中的readTIFF
吗？我用它来获取tiff图像的RGB值。您尝试过R中的tiff
包中的readTIFF
吗？我用它来获取tiff图像的RGB值。