R 单个3D图中的混合面和散射图

我正在研究鲸鱼在特定海底结构周围的分布模式。我正在尝试创建一个交互式3D绘图，同时显示：

作为表面的测深（

x

=经度，

y

=纬度，

z

=深度），以及

鲸鱼群的地理位置（

x

=经度，

y

=纬度，

z

=固定深度-例如30米） 坐标在UTM坐标系中投影

我通常使用R和

ggplot2

软件包生成图形。在这里，

plotly

包似乎是一个不错的选择

我从一个测深光栅和一个点的data.frame开始

> bathy_ras
class       : RasterLayer 
dimensions  : 784, 821, 643664  (nrow, ncol, ncell)
resolution  : 102, 111  (x, y)
extent      : 755070, 838812, -2612148, -2525124  (xmin, xmax, ymin, ymax)
coord. ref. : +proj=utm +zone=58S +datum=WGS84 +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
data source : in memory
names       : bathymetry 
values      : -1949.42, -34.27859  (min, max)
> str(points)
'data.frame':   214 obs. of  3 variables:
 $ x: num  774264 777293 775476 773430 773284 ...
 $ y: num  -2534165 -2533556 -2531012 -2532904 -2533695 ...
 $ z: num  -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 -30 ...

我找不到将两个数据集合并到同一个图形/同一个轴上的方法。我尝试了两种方法，但没有一种能提供我想要的输出

1） 使用plotly软件包在Rstudio中创建绘图

#将光栅转换为测深值矩阵
bathy_矩阵str（bathy_矩阵）
数字[1:784,1:821]-362-365-367-369-371。。。
#创建交互式绘图
p我相信你所做的应该很好。我想这可能和你的x和y坐标有关。曲面图使用
1:ncol（bathy_矩阵）
作为x轴，使用
1:row（bathy_矩阵）
作为y轴点（如果愿意，请勾选）

您的点需要在该范围内具有x和y坐标，才能显示在曲面图中。下面是一个简单的例子

set.seed(123)

x = sample(1:ncol(volcano), size = 50)
y = sample(1:nrow(volcano), size = 50)

z = c()

for(i in 1:50) {z <- c(z, volcano[y[i], x[i]])}

df <- data.frame(x, y, z)

plot_ly(z = volcano, type = "surface") %>% 
  add_trace(data = df, x = x, y = y, z = z, mode = "markers", type = "scatter3d", 
            marker = list(size = 5, color = "red", symbol = 104))

set.seed（123）
x=样品（1:ncol（火山），尺寸=50）
y=样品（1:nrow（火山），尺寸=50）
z=c（）
对于（我在1:50中）{z感谢alistaire，这确实非常有用。我的点的坐标不在我的矩阵范围内，这就是为什么它们没有显示在绘图上。我必须将这些坐标（最初以UTM lat/long，
Xrange=[755100:838800]
，
Yrange=[-261200，-2525000]
）重新缩放到我矩阵的大小（
Xrange=[1:ncol（bathy_矩阵）]
，
Yrange=[1:nrow（bathy_矩阵）]
）在使用plot_-ly之前，然后开始工作。
#convert raster into a dataframe 
bathy_df <- as.data.frame(coordinates(bathy_ras))
bathy_df$z <- values(bathy_ras)
> str(bathy_df)
'data.frame':   643664 obs. of  3 variables:
 $ x: num  755121 755223 755325 755427 755529 ...
 $ y: num  -2525179 -2525179 -2525179 -2525179 -2525179 ...
 $ z: num  -362 -361 -360 -359 -358 ...

set.seed(123)

x = sample(1:ncol(volcano), size = 50)
y = sample(1:nrow(volcano), size = 50)

z = c()

for(i in 1:50) {z <- c(z, volcano[y[i], x[i]])}

df <- data.frame(x, y, z)

plot_ly(z = volcano, type = "surface") %>% 
  add_trace(data = df, x = x, y = y, z = z, mode = "markers", type = "scatter3d", 
            marker = list(size = 5, color = "red", symbol = 104))