R 我怎样才能给三重胎CCA贴标签?
我写这封信是因为我浪费了很多时间,在对规范对应分析(CCA)进行分析后,试图在三连载中标记我的数据“站点”。 我的数据库包括比较两个季节(季节1和季节2),三个不同的水层,9个生物变量和9个非生物变量。第一季为1至28行,第二季为29至49行。在每个季节,都有来自表层、金属层和下层(不同的水柱层)的样品 我的CCA分析代码:R 我怎样才能给三重胎CCA贴标签?,r,ggplot2,plot,triplot,R,Ggplot2,Plot,Triplot,我写这封信是因为我浪费了很多时间,在对规范对应分析(CCA)进行分析后,试图在三连载中标记我的数据“站点”。 我的数据库包括比较两个季节(季节1和季节2),三个不同的水层,9个生物变量和9个非生物变量。第一季为1至28行,第二季为29至49行。在每个季节,都有来自表层、金属层和下层(不同的水柱层)的样品 我的CCA分析代码: library(ggplot2) library(vegan) library(matrixStats) 我的标签 abioticlabel<-cbind(ab[,
library(ggplot2)
library(vegan)
library(matrixStats)
我的标签
abioticlabel<-cbind(ab[,-(1:9)])
abioticlabel
Code2 Code
1 Epi 1
2 Epi 1
3 Epi 1
4 Meta 2
5 Meta 2
6 Meta 2
7 Hypo 3
8 Epi 1
9 Epi 1
10 Epi 1
11 Meta 2
12 Meta 2
###……till 49 cells…
因为我想把三连环图换成另一个更吸引人的图,所以我为每个图创建了一个代码(总共3个)。因此,我下载了以下软件包:
library(ggplot2)
library(FactoMineR)
library(factoextra)
(有了这些软件包,一开始我也没有什么问题,我不得不将我的R版本更新到3.5.2)
“绘图A”的步骤如下:
创建绘图空间
par(mar=c(4,4,2,2))
plot(spe.cca, scaling=2, display=c("sp","lc","cn"),type="n",
+ xlab="CCA1", ylab="CCA2")
图A)“现场”的点
plot(spe.cca, display=c("sp","lc","cn"), scaling=2, xlab="CCA1 ()", ylab="CCA2 ()")
library(ggplot2)
library(FactoMineR)
library(factoextra)
par(mar=c(4,4,2,2))
plot(spe.cca, scaling=2, display=c("sp","lc","cn"),type="n",
+ xlab="CCA1", ylab="CCA2")
code5 <- scores(spe.cca, choices=1:2, scaling=2, display="lc")
points(code5, pch=1, cex=1.5)
mycode<-scale_color_manual(labels,breaks = c("Epi", "Meta", "Hypo"),
values=c("white", "grey", "black"))
sessionInfo()
R version 3.5.2 (2018-12-20)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 17134)