R 具有嵌套设计和随机斜率的LMM模型（nlme包）不能使用自相关项运行

尽管做了很多努力，但由于自相关项，我无法运行线性混合模型。事实上，我无法同时为嵌套设计和其中的随机坡度编写代码

例如，让我们想象一下，在21年的时间里，在5个地点每月捕获的野生兔子（单位：千克）：

site<- rep(rep(c("Golden Cave","Ringo's place","Damned Dam","Knockampton","Easy Fuzzy"),each=12),21) 
year <- rep(2000:2020, each=12*5)
month <- rep(seq(1,12),21*5)
rabbit_captures <- rnorm(12*21*5, 50, 10)
dataset <- as.data.frame(cbind(site,year,month,rabbit_captures))
dataset$rabbit_captures <- as.numeric(dataset$rabbit_captures)

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site这对您帮助不大，但是
？corAR1
写了“这个相关结构的协变量必须是整数值。”谢谢！这一次，我没有看到这条线。。。那么，考虑到这种特殊的设计，我如何添加自相关结构呢？这是不可能的，因为我们总是需要一个数值来拟合随机斜率吗？我不确定，抱歉，这可能是合理的
corAR1（0.9，form=~1 |年/月）
——希望出现一个统计建模！其实是个好主意，谢谢！下面的例子是：“logLik.struct（object，conLin）中的错误：外部函数调用（arg3）中的NA/NaN/Inf。”数据集与运行该模型不一致。根据我的真实数据，我得到了：“lme.formula（fixed=log（CPUE+1）~caleta，random=~caleta|：problème optim，code d'erreur de convergence=1 message=另外：警告消息：在logLik.struct（object，conLin）中：第2级的奇异精度矩阵，第173块。”我现在很确定这个模型不会收敛。那没关系，没有时间自相关的模型就可以了。@user20650我会；）
library(nlme)
library(MASS)

model_lme <- lme(fixed = log(rabbit_captures) ~ site,  
                 random = ~ site|year/month, 
                 correlation = corAR1(value = 0.9, form = ~ site|year/month), 
                 data = dataset, method = "ML",  
                 control = lmeControl(opt = 'optim'))

model_lme_wo_autocorrelation <- lme(fixed = log(rabbit_captures) ~ site,  
                                    random = ~ site|year/month, 
                                    data = dataset, method = "ML", 
                                    control = lmeControl(opt = 'optim'))