升级到R 3.1.1后运行lmer时出现问题

升级到R 3.1.1后运行lmer时出现问题,r,anova,lmer,R,Anova,Lmer,我运行的是Windows XP,最近我升级到了R3.1.1并更新了所有软件包。奇怪的是,我再也不能用自己的数据运行lmer了。当我使用R2.15时,我的代码工作正常。我还尝试在lme4软件包中使用sleepstudy数据集,效果很好 我正在观察6个日期内16个地块(8个在高多样性处理中,8个在低多样性处理中)幼苗数量的变化。以下是数据帧的结构: >str (Dataset) 'data.frame': 96 obs. of 5 variables: Plot : Facto

我运行的是Windows XP,最近我升级到了R3.1.1并更新了所有软件包。奇怪的是,我再也不能用自己的数据运行lmer了。当我使用R2.15时,我的代码工作正常。我还尝试在lme4软件包中使用sleepstudy数据集,效果很好

我正在观察6个日期内16个地块(8个在高多样性处理中,8个在低多样性处理中)幼苗数量的变化。以下是数据帧的结构:

>str (Dataset)
'data.frame':   96 obs. of  5 variables:
   Plot   : Factor w/ 16 levels "10B","12A","13B",..: 12 13 14 15 16 1 2 3 4 5 ...
   Trt    : Factor w/ 2 levels "high","low": 2 1 1 2 1 2 1 2 2 1 ...
   Date   : Factor w/ 6 levels "Apr-12","Apr-13",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
   Seed   : int  0 0 2 7 1 0 8 0 2 5 ...
我尝试运行完整模型,将日期和处理作为固定因素,将绘图作为随机因素:

> seeds <- lmer(Seed~Trt*Date+(1|Plot), Dataset)
我试过运行一个简化的模型,只使用处理和绘图,或者只使用日期和绘图,但仍然得到相同的错误。在将数据导入R时,我是否做了一些奇怪的事情?知道我做错了什么吗

--更新日期:2014年9月29日--
所以我试着在一些虚假数据上运行aov,即使这样也不起作用。这是我的密码:

> thing = c(4, 5, 4, 3, 2, 4, 3, 4, 4, 6, 8, 4, 5, 4, 6, 5, 8, 6, 6, 7, 6, 6, 7, 5, 6, 5, 5)
> treatment = c(rep("A",9), rep("B",9), rep("C",9))
> Dataset = data.frame(thing,treatment)
> results = aov(thing ~ treatment, data=Dataset)  
我得到了同样的错误:

Error in get(ctr, mode = "function", envir = parent.frame()) : 
object 'contr.Treatment' of mode 'function' was not found

当我试图在lmer对象上运行疏通功能(来自“MuMin”)时,我收到了相同的错误消息,并且一直在寻找有类似问题的人

我没有在网上找到解决问题的方法,但在阅读了这个问题后,我寻找了控制疗法,并在“汽车”包装中找到了。

“汽车”被关掉了,打开它为我消除了这个错误。似乎“车”应该作为依赖项加载,但出于任何原因它没有加载

在我看来,在某个地方,有一个代码期望找到一个
控制治疗
功能,它很可能就是
控制治疗
功能。不确定这到底发生在哪里,或者为什么不能够解析代码的其余部分。您可以通过从拼写正确的
control.treatment
创建该函数来修复它。当我收到错误消息时,我运行的代码中只有read.table语句,用于导入数据,后跟lmer语句。我不知道为什么read.table或lmer需要一个控制处理功能,除非lmer在R 2.15.1之后发生了很大变化。我查阅了lme4软件包()的文档,也找不到任何关于“控制处理”的信息。你能复制/模拟一些有相同问题的数据并编辑问题以便我们检查吗?
Error in get(ctr, mode = "function", envir = parent.frame()) : 
object 'contr.Treatment' of mode 'function' was not found