R完全互连加权图

我一直在尝试使用R中的

igraph

软件包来绘制一个网络，其中每对节点的权重关系在-4和4之间（-4表示“尽可能远”），当我最初绘制数据时，我能够使用权重来注释链接厚度，但不会影响布局。修剪“最差”的边会有所帮助，但会导致弱链接节点从图中脱落，请参见本例中的#64和#119，并且似乎不会很好地将“低”值节点分开。最终，我想要的是让节点尽可能靠近“相似”节点，尽可能远离不同节点。（编辑：将数据文件中的

Weight

更改为

Weight

有帮助，将重新制定问题以更清楚地提问）

我的代码是，示例日期文件如下：

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datefile\u base我不确定我是否真的看到了一个问题。也许你可以编辑你的帖子，让它更清楚你在问什么。此外，如果您在问题本身中包含一个不需要从外部站点下载单独文件的文件，则更容易提供帮助。我们不需要您的真实数据，只需要用于测试代码的数据。
layout\u with_fr
默认情况下应使用权重，但它将查找名为
weight
而不是
weight
的变量。
datefile_base <- "paris_rouen_utrecht"
nodes <- read.csv(paste(datefile_base, "-nodes.csv", sep=""), header=T, as.is=T)

links <- read.csv(paste(datefile_base, "-edge.csv", sep=""), header=T, as.is=T)
library(igraph)
require(stats)

net <- graph_from_data_frame(d=links, vertices=nodes, directed=F) 
simplify(net, edge.attr.comb=list(weight="sum","ignore"))
translucent <- rainbow(5, alpha=.5)
V(net)$color <- translucent[V(net)$UseNumber]

plot.new
cut.off <- quantile(links$Weight)["75%"] 
net.sp <- delete_edges(net, E(net)[Weight<cut.off])
layout_with_fr(net.sp)
plot(net.sp) 
legend("topleft", c("Paris","Rouen", "Utrecht", "Unknown"), pch=21,
       col="#777777", pt.bg=translucent, pt.cex=2, cex=.8, bty="n", ncol=1)