R 如何制作PCA图,正如我在这里发布的
I,但未能根据R 如何制作PCA图,正如我在这里发布的,r,plot,ggplot2,ape-phylo,R,Plot,Ggplot2,Ape Phylo,I,但未能根据s.class的绘图结果绘制x.lab和y.lab 我在这里贴了一张图,怎么画? 我想问更多关于这方面的问题 如何根据另一个整数变量使点变大或变小 ggplot2能否绘制与s.class相同的圆?不要演示如何画圆 使用“大小”调整点的大小。可以通过stat_省略号添加省略号 pca <- prcomp(iris[iris$Species %in% c("virginica","versicolor"),1:4], retx = TRUE, scale = TRUE,tol=
s.class
的绘图结果绘制x.lab
和y.lab
我在这里贴了一张图,怎么画?
我想问更多关于这方面的问题
ggplot2
能否绘制与s.class
相同的圆?不要演示如何画圆使用“大小”调整点的大小。可以通过stat_省略号添加省略号
pca <- prcomp(iris[iris$Species %in% c("virginica","versicolor"),1:4], retx = TRUE, scale = TRUE,tol=0.4)
predicted <-predict(pca,iris[,1:4])
ggplot(data.frame(predicted))+aes(x=PC1,y=PC2,color=iris$Species)+geom_point(aes(size=iris$Sepal.Length))+stat_ellipse()+stat_ellipse(level=0.8)
pca我在软件包的功能中所做的是仅对椭圆和质心使用s.class
:
添加空绘图,标签和限制取决于几个变量:
plot(0,0, main=paste(name,surname, sep=": "), type = "n",
xlab=paste("C1 (",var1,"%)"),ylab=paste("C2 (",var2,"%)"),
xlim=c(minX-10^floor(log10(abs(minX))),maxX+10^floor(log10(abs(maxX)))),
ylim=c(minY-10^floor(log10(abs(minY))),maxY+10^floor(log10(abs(maxY)))),
frame=TRUE, cex=1.5)
看看xlab
用不同的颜色/符号绘制不同治疗/组的点在这里,您可以使用cex参数设置点的大小
for(i in 1:ntt){
points(spcoo[[i]], pch=21, col="black", bg=bgcolors[i])
}
最后,使用ade4的c.class绘制椭圆、星星和组标签,但不绘制点(cpoint=0)
在我的代码中,我得到了如下PCOA图:
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s.class(pcol$points, groups, cpoint=0, col=bgcolors, add.plot=TRUE)