R 有效地分割数据帧

我有这个

数据框

：

set.seed(1)
n=20
df <- data.frame(s1 = paste(sample(0:3, n, replace = TRUE),sample(0:3, n, replace = TRUE),sep="/"),
                  s2 = paste(sample(0:3, n, replace = TRUE),sample(0:3, n, replace = TRUE),sep="/"),
                  s3 = paste(sample(0:3, n, replace = TRUE),sample(0:3, n, replace = TRUE),sep="/"),
                  stringsAsFactors = FALSE)

---

但我想知道是否还有更有效的方法

这里有点奇怪：

library(data.table)
fwrite(df, sep = "/", quote = FALSE,
       col.names = FALSE, file = "df.txt")

NN <- 2L*ncol(df)

DT1 <- fread("df.txt", sep = "/", select = seq(from = 1L, to = NN, by = 2L))
DT2 <- fread("df.txt", sep = "/", select = seq(from = 2L, to = NN, by = 2L))

库（data.table）
fwrite（df，sep=“/”，引号=FALSE，
col.names=FALSE，file=“df.txt”）
建议：使用stri_split_fixed。。。下面显示了一些基准。。。
（代码假定您以矩阵形式读取数据，然后将其转换为字符向量，使用“/”进行拆分，然后使用矩阵（prevOutput，nrow=origNrow，ncol=2*origNcol）

选项（stringsAsFactors=F）
图书馆（rbenchmark）
图书馆（stringi）
图书馆（tidyr）
种子（1）
ncols你有什么机会得到一些基因型数据？你抓住我了。但是，它不是传统的VCF格式。它只有CHROM.POS和GT字段。有什么建议吗
library(data.table)
fwrite(df, sep = "/", quote = FALSE,
       col.names = FALSE, file = "df.txt")

NN <- 2L*ncol(df)

DT1 <- fread("df.txt", sep = "/", select = seq(from = 1L, to = NN, by = 2L))
DT2 <- fread("df.txt", sep = "/", select = seq(from = 2L, to = NN, by = 2L))

options(stringsAsFactors=F)
library(rbenchmark)
library(stringi)
library(tidyr)

set.seed(1)
ncols <- 1
nrows <- 10*1000
strdat <- paste(sample(0:3, nrows*ncols, replace=T),
    sample(0:3, nrows*ncols, replace=T), sep="/")

benchmark(strsplitMtd=lapply(strdat, function(x) strsplit(x,"/")[[1]]),
    striMtd=stri_list2matrix(stri_split_fixed(strdat, "/"), byrow=T),
    tidyrMtd=separate(data.frame(S=strdat), S, c("S1","S2"), "/"))