Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/4/r/67.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
从bash运行脚本时要运行的R的特定版本_R_Bash_Rscript - Fatal编程技术网

从bash运行脚本时要运行的R的特定版本

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我正在尝试使用
Rscript
命令从bash脚本运行R脚本。我所在的集群有多个R版本,并且告诉我:“错误:这是R版本2.15.1。包'raster'需要>=3.0.0。是否有方法指定运行
Rscript
的R版本

#!/bin/sh
Rscript Test.R

如果未使用完整路径,则它将运行在$path变量中最先找到的版本。解决方案是让路径的开头有R目录,或是指向正确的路径(例如“alias R=/opt/my/path/R”)并使用'shopt-s expand_alias'运行脚本。

如果您没有使用完整路径,那么它将运行在$path变量中首先找到的版本。解决方案是让您的路径在开头有R目录,或者是到正确的路径(例如'alias R=/opt/my/path/R')然后用'shopt-s expand_alias'运行脚本。

最终只是从完整路径运行它。谢谢!@MikeJewski您标记了这个bash,但您正在运行/bin/sh。shopt是一个bash命令。我没有注意到您使用的shell与您标记的不同。我意识到,即使在放置/bin/bash之后,我也无法让它工作。这最终是因为我使用qsub命令将其提交到集群,并且必须手动将其设置为使用qsub-S/bin/bash运行。这两种方法都有效!最终只是从完整路径运行它。谢谢!@MikeJewski您标记了此bash,但您正在运行/bin/sh。shopt是一个bash命令。我没有注意到您正在使用与您标记的不同的shell。我意识到,即使在放置/bin/bash之后,我也无法让它工作。这最终是因为我使用qsub命令将其提交到集群,并且必须手动将其设置为使用qsub-S/bin/bash运行。这两种方法都起作用了!