如何在R弦图中给标签上色

从几年前开始，我想使用R中的

Circize

软件包对

chordDiagram

中的段标签进行彩色编码

？circos.text

中的文档告诉我应该使用图形

par

参数中的参数

col

来设置this。但是，

par（col）

不接受颜色向量

有人能告诉我怎么做吗？非常感谢

这里的示例代码使用R中的

循环

包

库（圆圈）
种子集（999）
##生成示例数据
mat循环轨迹绘图区域

函数在其参数x上循环，每次调用

panel.function

函数。其效果是为每个调用使用

col

的第一个值（

col[1]

），而不是在参数

col

中使用值向量

一种解决方案是为每个扇区调用

circos.trackPlotRegion

，如下所示：

# replace code after the call to `chordDiagram` with this

for (i in seq_len(nrow(mat))) { # use for loop to label each sector
  myFactor <- rownames(mat)[i] # assuming this defines the sectors
  myCol <- grid.col[i] # defined in the question
  circos.trackPlotRegion(track.index = 1, factor = myFactor,
    panel.fun = function(x, y) {
      xlim = get.cell.meta.data("xlim")
      ylim = get.cell.meta.data("ylim")
      sector.name = get.cell.meta.data("sector.index")
      circos.text(mean(xlim), 
        ylim[1] + .1, 
        sector.name,
        col = myCol,
        facing = "clockwise",
        niceFacing = TRUE, 
        adj = c(-0.5, 0.5))
      circos.axis(h = "top", 
        labels.cex = 0.5,
        major.tick.percentage = 0.2, 
        sector.index = sector.name, 
        track.index = 2)
      },
    bg.border = NA)
}

#将调用'chordDiagram'后的代码替换为以下内容
for（i在seq_len（nrow（mat））{使用for循环来标记每个扇区
myFactorcircos.trackPlotRegion

函数在其参数

x

上循环，每次调用

panel.function

函数。其效果是为每次调用使用

col

的第一个值（

col[1]

），而不是考虑参数

col

中的值向量

一种解决方案是为每个扇区调用

circos.trackPlotRegion

，如下所示：

# replace code after the call to `chordDiagram` with this

for (i in seq_len(nrow(mat))) { # use for loop to label each sector
  myFactor <- rownames(mat)[i] # assuming this defines the sectors
  myCol <- grid.col[i] # defined in the question
  circos.trackPlotRegion(track.index = 1, factor = myFactor,
    panel.fun = function(x, y) {
      xlim = get.cell.meta.data("xlim")
      ylim = get.cell.meta.data("ylim")
      sector.name = get.cell.meta.data("sector.index")
      circos.text(mean(xlim), 
        ylim[1] + .1, 
        sector.name,
        col = myCol,
        facing = "clockwise",
        niceFacing = TRUE, 
        adj = c(-0.5, 0.5))
      circos.axis(h = "top", 
        labels.cex = 0.5,
        major.tick.percentage = 0.2, 
        sector.index = sector.name, 
        track.index = 2)
      },
    bg.border = NA)
}

#将调用'chordDiagram'后的代码替换为以下内容
for（i在seq_len（nrow（mat））{使用for循环来标记每个扇区
myFactor或者，您可以将颜色设置为
grid.col[sector.name]
：

库（圆圈）
种子集（999）
##生成示例数据
mat或者，您可以提供网格.col[sector.name]
的颜色：

库（圆圈）
种子集（999）
##生成示例数据
垫子