在Ubuntu的R studio中调用shell脚本

我不熟悉Ubuntu/LINUX中的shell脚本。我需要阅读

/path/raw/hourly/

中的所有文件夹，并阅读

NLDAS\u VIC0125\u H.A*.grb

我的做法如下：

startingDir <- "/path/raw/hourly/"
thepattern <- "NLDAS_VIC0125_H.A*\\.grb"
files <- list.files(path = startingDir, pattern=thepattern, recursive=T, full.names=T)

我在下面尝试了这段代码，但它没有产生输出

for (f in files) {
  system(paste('#!/bin/bash','cdo -f nc copy', substr(f,10,47), '/file/path/out/${', substr(f,10,43), '%.grb}.nc'))
}

感谢您的帮助

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谢谢。

既然您在R中，您可以在R中自己编写脚本。类似于：

for（f in files）system（粘贴（'cdo-f nc copy'，startingDir，f'，/file/path/out/${'，f'，}.nc'））

谢谢，但它返回“错误替换”。

for (f in files) {
  system(paste('#!/bin/bash','cdo -f nc copy', substr(f,10,47), '/file/path/out/${', substr(f,10,43), '%.grb}.nc'))
}