将R标记参数传递给源R脚本_R_Shiny_Parameter Passing_R Markdown_Environment

将R标记参数传递给源R脚本

r shiny

将R标记参数传递给源R脚本,r,shiny,parameter-passing,r-markdown,environment,R,Shiny,Parameter Passing,R Markdown,Environment,我有一个闪亮的应用程序，用户可以在其中选择传递给参数化R降价报告的选项。然后，Rmd生成一系列R脚本，以提取和总结数据，为报告创建绘图等我正在寻找的用于提取数据的脚本包括一个参数化SQL查询，它从R标记params继承值（这反过来又从输入继承）。但是，整个过程在这一点停止，我得到一个错误，指出params不存在我可以合理地确定，将输入从Shiny传递到R markdown参数工作正常-因此，问题似乎是将它们传递到源代码脚本（注意：它只是一个R脚本，而不是一个函数）。我猜这与脚本在获取源代码时

我有一个闪亮的应用程序，用户可以在其中选择传递给参数化R降价报告的选项。然后，Rmd生成一系列R脚本，以提取和总结数据，为报告创建绘图等

我正在寻找的用于提取数据的脚本包括一个参数化SQL查询，它从R标记

params

继承值（这反过来又从输入继承）。但是，整个过程在这一点停止，我得到一个错误，指出

params

不存在

我可以合理地确定，将输入从Shiny传递到R markdown参数工作正常-因此，问题似乎是将它们传递到源代码脚本（注意：它只是一个R脚本，而不是一个函数）。我猜这与脚本在获取源代码时访问的环境有关（尽管它使用在R markdown中的前一个块中生成的数据库连接没有问题），但除此之外，对于如何纠正这一点，我有点不知所措。任何想法都将不胜感激

以下是闪亮的应用程序：

##########################################
# SHINY APP - USER INTERFACE:

ui = fluidPage (
    selectInput("pathogen", "Enter pathogen of interest:", c("Campylobacter" = "Campylobacter", "Escherichia" = "Escherichia",
                "Salmonella" = "Salmonella", "Shigella" = "Shigella"), selected = "Salmonella" ),

    radioButtons("pkginstall", "Install required packages?",  c("Yes" = "yes", "No" = "no"),selected = "yes"),

    downloadButton("report", "Generate report")
)


##########################################
# SHINY APP - SERVER LOGIC:

#fileInput("download_location","Select File Location"),
server = function(input, output) {
    # Create the output: 
    output$report = downloadHandler(

      filename = paste0("Pathogen Report ", input$pathogen, "_", format(Sys.time(),"%d-%b-%Y %H.%M"), ".html"),

      content = function(file) {

        # Copy the .Rmd to a temporary directory:
        tempReport <- file.path(tempdir(), "Pathogen_Report.Rmd")
        file.copy("Pathogen_Report.Rmd", tempReport, overwrite = TRUE)


        # Set up parameters to pass to Rmd document:
        params <- list(pathogen = input$pathogen, pkginstall = input$pkginstall)

        # Define name of report:
        outname <- paste0("Pathogen Report ", input$pathogen, "_", format(Sys.time(),"%d-%b-%Y %H.%M"), ".html") 

        # Knit the document:
        created_filename <- rmarkdown::render(input = tempReport, 
                          output_file = outname, 
                          params = params,
                          envir = new.env(parent = globalenv())
                          )
        file.rename(created_filename, file)
      }
    )
  }

##########################################
# SHINY APP - RUN:

# Run app:
shinyApp(ui =ui, server=server)

##################################################################

以及R脚本的相关块：

{r, GDW Query, echo=FALSE, cache=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, results='hide'}
####################################################################
# QUERY DATABASE AND EXTRACT DATA 

source("Extract_data.R")

Extract_data.R

包含一个SQL查询，其中病原体名称应替换从R标记参数继承的名称：

# Example SQL to PostgreSQL database:
query <- "SELECT * FROM table1 WHERE table1.organism ~ '^@pathogen'"

# Substituting pathogen for pathogen name from R markdown parameters:
query <- gsub("@pathogen", params$pathogen, query)

# Executing the query:
mydata <- data.table(RPostgres::dbGetQuery(conn = dbcon, statement = query))

查看

source

（

？source

）中的参数

local

local

TRUE、FALSE或环境，确定在何处计算解析的表达式。FALSE（默认值）对应于用户的工作区（全局环境），TRUE对应于调用源的环境

直接呈现

Rmd

时，

params

是默认设置的参数，并且您处于全局环境中。因此，这将起作用：

---
params:
  pathogen: 
    label: "Enter pathogen of interest:" 
    value: Shigella
    input: select
    choices: [Campylobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella]
  pkginstall:
    value: no
title: "Pathogen Report"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B %Y')`"
output: html_document
---

```{r GDW Query, echo=TRUE, cache=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, results='hide'}
####################################################################
# QUERY DATABASE AND EXTRACT DATA 
source(Extract_data.R, local=FALSE) # same as source(Extract_data.R)

但是，当通过

shinny应用程序运行Rmd
时，您希望在shinny
工作的环境中工作，并且希望将外部脚本源代码化，就像它粘贴到行中一样（请参阅）。以下方面应起作用：
---
params:
  pathogen: 
    label: "Enter pathogen of interest:" 
    value: Shigella
    input: select
    choices: [Campylobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella]
  pkginstall:
    value: no
title: "Pathogen Report"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B %Y')`"
output: html_document
---

```{r GDW Query, echo=TRUE, cache=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, results='hide'}
####################################################################
# QUERY DATABASE AND EXTRACT DATA 
source(Extract_data.R, local=TRUE) 

查看source
（？source
）中的参数local

local
TRUE、FALSE或环境，确定在何处计算解析的表达式。FALSE（默认值）对应于用户的工作区（全局环境），TRUE对应于调用源的环境
直接呈现Rmd
时，params
是默认设置的参数，并且您处于全局环境中。因此，这将起作用：
---
params:
  pathogen: 
    label: "Enter pathogen of interest:" 
    value: Shigella
    input: select
    choices: [Campylobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella]
  pkginstall:
    value: no
title: "Pathogen Report"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B %Y')`"
output: html_document
---

```{r GDW Query, echo=TRUE, cache=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, results='hide'}
####################################################################
# QUERY DATABASE AND EXTRACT DATA 
source(Extract_data.R, local=FALSE) # same as source(Extract_data.R)

但是，当通过shinny应用程序运行Rmd
时，您希望在shinny
工作的环境中工作，并且希望将外部脚本源代码化，就像它粘贴到行中一样（请参阅）。以下方面应起作用：
---
params:
  pathogen: 
    label: "Enter pathogen of interest:" 
    value: Shigella
    input: select
    choices: [Campylobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella]
  pkginstall:
    value: no
title: "Pathogen Report"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B %Y')`"
output: html_document
---

```{r GDW Query, echo=TRUE, cache=FALSE, message=FALSE, warning=FALSE, results='hide'}
####################################################################
# QUERY DATABASE AND EXTRACT DATA 
source(Extract_data.R, local=TRUE)