R 截尾生存数据的一致性指数(c指数)返回NA
我使用R软件包“survcomp”计算预测生存率与已知测试集生存率的c指数。但结果它返回了NA。数据如下: 测试集已知存活率:R 截尾生存数据的一致性指数(c指数)返回NA,r,survival-analysis,R,Survival Analysis,我使用R软件包“survcomp”计算预测生存率与已知测试集生存率的c指数。但结果它返回了NA。数据如下: 测试集已知存活率: OS.Time OS.event 1 1686 0 2 517 0 3 7 0 4 1965 0 5 5748 0 6 495 0 7 10 0 8 365 1 9 1733 0 预测生存率(可能不是一个好的估计,但无论如何不应影响c指数计算):
OS.Time OS.event
1 1686 0
2 517 0
3 7 0
4 1965 0
5 5748 0
6 495 0
7 10 0
8 365 1
9 1733 0
预测生存率(可能不是一个好的估计,但无论如何不应影响c指数计算):
用于计算c指数的R代码是:concordance.index(pred,test_surv$OS.Time,test_surv$OS.event,method=“noether”)$c.index
。如前所述,安娜回来了
这是因为测试集中只有一个事件吗?但我检查了c指数的计算。似乎只有当分母为0时,c指数才可以是NA,但上述情况并非如此。如果您查看代码,您会发现这是预期行为:
if (sum(cc.ix) < 3) {
if (msurv) {
data <- list(x = x, surv.time = surv.time, surv.event = surv.event)
}
else {
data <- list(x = x, cl = cl)
}
return(list(c.index = NA, se = NA, lower = NA, upper = NA,
p.value = NA, n = sum(cc.ix), data = data, comppairs = NA))
if(总和(cc.ix)<3){
if(msurv){
数据
if (sum(cc.ix) < 3) {
if (msurv) {
data <- list(x = x, surv.time = surv.time, surv.event = surv.event)
}
else {
data <- list(x = x, cl = cl)
}
return(list(c.index = NA, se = NA, lower = NA, upper = NA,
p.value = NA, n = sum(cc.ix), data = data, comppairs = NA))