从R中的不规则数据帧创建边列表（用于网络分析）

我有一个参差不齐的数据帧，每一行都是一个或多个实体在时间上的引用，如下所示：

(time1) entitya entityf entityz
(time2) entityg entityh
(time3) entityo entityp entityk entityL
(time4) entityM

我想从第二个向量（节点列表）中找到的实体子集创建一个用于网络分析的边列表。我的问题是我不知道：

1） 。如何仅子集节点列表中的实体。我在考虑

datanew<- subset(dataold, dataold %in% nodelist)

不知道怎么做。非常感谢您的帮助

试试这个：

# read your data 

dat <- strsplit(readLines(textConnection("(time1) entitya entityf entityz
(time2) entityg entityh
(time3) entityo entityp entityk entityL
(time4) entityM")), " ")

# remove (time)

dat <- lapply(dat, `[`, -1)

# filter

nodelist <- c("entitya", "entityf", "entityz", "entityg", "entityh",
              "entityo", "entityp", "entityk")

dat <- lapply(dat, intersect, nodelist)

# create an edge matrix

t(do.call(cbind, lapply(dat[sapply(dat, length) >= 2], combn, 2)))

#读取您的数据
dat试试这个：

# read your data 

dat <- strsplit(readLines(textConnection("(time1) entitya entityf entityz
(time2) entityg entityh
(time3) entityo entityp entityk entityL
(time4) entityM")), " ")

# remove (time)

dat <- lapply(dat, `[`, -1)

# filter

nodelist <- c("entitya", "entityf", "entityz", "entityg", "entityh",
              "entityo", "entityp", "entityk")

dat <- lapply(dat, intersect, nodelist)

# create an edge matrix

t(do.call(cbind, lapply(dat[sapply(dat, length) >= 2], combn, 2)))

#读取您的数据
dat“不规则数据帧”以什么形式出现？它是R中的一个对象（如果是，是什么类，您可以通过
dput
？）向我们提供它），还是现在只是一个文本文件？它来自我导入的csv文件中的一列，然后通过strsplt拆分并应用。这是一个列表，我可以把它做成一个向量，“不规则的数据帧”是以什么形式出现的？它是R中的一个对象（如果是，是什么类，您可以通过
dput
？）向我们提供它），还是现在只是一个文本文件？它来自我导入的csv文件中的一列，然后通过strsplt拆分并应用。这是一个列表，我可以把它做成一个向量。非常感谢！这真的很有帮助，但我应该说明：我需要的组合只有那些在原始矩阵中找到的。当前的答案似乎给出了数据中唯一元素的所有组合。有进一步的提示吗？你所说的“原始矩阵”是什么意思？它是否与你在问题中所说的“节点列表”有关？你问题的那一部分不清楚。请注意，在我的代码中，我创建了一个名为
nodelist
的对象，它是原始数据中所有实体的子集。您可以自由制作
nodelist
任何您想进一步细分数据的内容。非常感谢！这真的很有帮助，但我应该说明：我需要的组合只有那些在原始矩阵中找到的。当前的答案似乎给出了数据中唯一元素的所有组合。有进一步的提示吗？你所说的“原始矩阵”是什么意思？它是否与你在问题中所说的“节点列表”有关？你问题的那一部分不清楚。请注意，在我的代码中，我创建了一个名为
nodelist
的对象，它是原始数据中所有实体的子集。您可以随意创建
nodelist
任何您想进一步子集数据的内容。