使用R计算维恩图超几何p值

您好，我看到有人计算维恩图重叠p值，如下面的示例所示。它们使用超几何分布和R。当我在R中应用它们的函数时，我无法得到相同的结果。有人能帮我吗

我在其他人的出版物中看到的示例：

从15220个基因中，集合A是1850+195个基因，集合B是195+596个基因，重叠是195个基因。其p值为2e-26

他们的方法是：给定总共N个基因，如果基因集a和B分别包含m和N个基因，且其中k个基因相同，则富集的p值通过以下公式计算：

p = Σ (m,i)(N-m,n-i)/(N,n)

对于

i

从

k

到

min（m，n）

，其中“

（m，i）

”表示二项形式

我使用R的方式是：

sum（选择（596+195195:（195+596））*选择（15220-596-195，（1850+195）-195:（195+596））/choose（152201850+195）

我得到了

NaN

或者使用：

phyper（1951850+19515220-1850-195596+195）

，我得到1

我也参考链接 但是当我计算的时候

1-phyper（4481000138002872）

在R中，我得到了0，而不是链接的1.906314e-81

---

我对R和statistic完全陌生，很抱歉在这里发布了许多错误。

使用package

gmp

，并将

choose

替换为

chooseZ

，我们可以将您的p值实现为：

require(gmp)

enrich_pvalue <- function(N, A, B, k)
{
    m <- A + k
    n <- B + k
    i <- k:min(m,n)

    as.numeric( sum(chooseZ(m,i)*chooseZ(N-m,n-i))/chooseZ(N,n) )
}

使用pangloss链接中的示例（使用符号），我们得到：

---

你有出版物的链接吗？您确定论文中报告的p值是针对重叠或其他内容吗？是的，论文链接是（第3页）。非常感谢。另外，纸链接是谢谢你，费迪南德，你的好答案，它解决了我的问题！作为进一步的问题，当使用除“choose”以外的其他命令（如“phyper”）时，您能告诉我一些想法吗？R是否有任何通用设置以生成更精确的数值结果？我真的很感谢你抽出时间。

> enrich_pvalue(15220, 1850, 596, 195)
[1] 1.91221e-18

> enrich_pvalue(N=14800, A=1000-448, B=2872-448, k=448)
[1] 7.289388e-81