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Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181

Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/6/mongodb/11.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

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如何通过R中的变量计算疾病流行率_R_Dplyr - Fatal编程技术网

如何通过R中的变量计算疾病流行率

如何通过R中的变量计算疾病流行率,r,dplyr,R,Dplyr,我完全无法根据一个变量(在我的例子中是邮政编码)来计算我的疾病流行率。我什么都试过了,但似乎都不管用:( 我知道疾病流行率很容易计算(总患病人数除以总人口),但它不允许我将病例和总人口按邮政编码相加,然后再除以它们 我试图计算患病率的列名为“莱姆”,这是一个逻辑变量(0=负,1=正)。然后列“FSA”是我的邮政编码。请帮助 这是我的密码: Data.All.df <- data.frame(Data.All) ## Create Data Frame from Data file Data

我完全无法根据一个变量(在我的例子中是邮政编码)来计算我的疾病流行率。我什么都试过了,但似乎都不管用:(

我知道疾病流行率很容易计算(总患病人数除以总人口),但它不允许我将病例和总人口按邮政编码相加,然后再除以它们

我试图计算患病率的列名为“莱姆”,这是一个逻辑变量(0=负,1=正)。然后列“FSA”是我的邮政编码。请帮助

这是我的密码:

Data.All.df <- data.frame(Data.All) ## Create Data Frame from Data file
Data.All.df.2008 <- subset(Data.All.df, Year=="2008") ##only use 2008
library(dplyr)
Data.All.df.2008 <- Data.All.df.2008 %>% 
                              group_by(FSA) %>% 
                              mutate_each(funs(Cases = ((Lyme=="1")/((Lyme=="0")+(Lyme=="1")))))```


X.1 X Source Patient Accession Customer Year Date Country City Province Postal Name Age Gender Species Breed SNAP Apspp Ehrspp HW Lyme Coinfections dupID FSA
1710    4913    4913    Veterinary Clinic   Bronson Sprartacus796575981360  7.97e+13    79657   2008    2008-01-08  Canada  WINDSOR ON  N8N 3T4 Bronson Sprartacus  132 Not Specified   Canine  Not Specified   4Dx 0   0   0   0   0   TRUE    N8N
1711    4915    4915    Veterinary Clinic   Scotty9233669481432 9.23e+13    92336   2008    2008-01-08  Canada  WINDSOR ON  N8R 1A5 Scotty  84  Not Specified   Canine  Not Specified   4Dx 0   0   0   0   0   TRUE    N8R
1712    4916    4916    Veterinary Clinic   Hershey9233683161435    9.23e+13    92336   2008    2008-01-08  Canada  WINDSOR ON  N8R 1A5 Hershey 48  Not Specified   Canine  Not Specified   4Dx 0   0   0   0   0   TRUE    N8R
1713    4918    4918    Veterinary Clinic   Brandy7965736441362 7.97e+13    79657   2008    2008-01-09  Canada  WINDSOR ON  N8N 3T4 Brandy  156 Not Specified   Canine  Not Specified   4Dx 0   0   0   0   0   TRUE    N8N
1714    4919    4919    Veterinary Clinic   Trish9233699481443  9.23e+13    92336   2008    2008-01-10  Canada  WINDSOR ON  N8R 1A5 Trish   132 Not Specified   Canine  Not Specified   4Dx 0   0   0   0   0   TRUE    N8R
1715    4929    4929    Veterinary Clinic   Lexie8001685020761364   8.00e+13    80016   2008    2008-01-17  Canada  HALIFAX NS  B3L 2C2 Lexie   29  Spayed  Canine  Non-Sporting    4Dx 0   0   0   0   0   TRUE    B3L
1716    4937    4937    Veterinary Clinic   CUBBIE79700431  7.97e+12    79700   2008    2008-01-21  Canada  DARTMOUTH   NS  B2W 2N3 CUBBIE  118 Spayed  Canine  Non-Sporting    4Dx 0   0   0   0   0   TRUE    B2W
1717    4945    4945    Veterinary Clinic   Stevie7965765291433 7.97e+13    79657   2008    2008-01-25  Canada  WINDSOR ON  N8N 3T4 Stevie  36  Not Specified   Canine  Not Specified   4Dx 0   0   0   0   0   TRUE    N8N
1718    4947    4947    Veterinary Clinic   Bailey9233644191501 9.23e+13    92336   2008    2008-01-25  Canada  WINDSOR ON  N8R 1A5 Bailey  132 Not Specified   Canine  Not Specified   4Dx 0   0   0   0   0   TRUE    N8R
1719    4948    4948    Veterinary Clinic   ZAK925369448482 9.25e+12    92536   2008    2008-01-25  Canada  HUNTSVILLE  ON  P1H 1B5 ZAK 96  Neutered    Canine  Hound   4Dx 0   0   0   0   0   TRUE    P1H
17

Data.All.df使用以下最小示例数据:

#生成数据。
种子集(0934)
Data.All.df.2008%
组别(FSA)%>%
总结(患病率=总和(莱姆)/n()
##tibble:4 x 2
#FSA患病率
#         
#1 B3L 0.778
#2 N8N 0.571
#3 N8R 0.583
#4 P1H 0.467

您需要从
data.All.df.2008
以纯文本格式提供示例数据以获得任何帮助。可能,
data.All.df%>%filter(Year==2008)%%>%groupby(FSA)%%>%summary(prev=mean(lym))
…@neilfws我想我添加的数据是正确的。这就是你的意思吗?现在读取数据很困难,你能将数据限制在关键列吗?谢谢。Holly我们有一个易于导入的样本数据集很重要。通常你可以通过采集数据样本并使用
dput
,但在你的情况下,这是非常重要的创建一些玩具数据可能更有意义,因为
Lyme==1
似乎并不经常出现。请参阅下面我的答案,了解如何创建玩具数据的示例。它成功了!我在cloud 9上!非常感谢!@gershtGreat听到它@HollyArcher!既然我的答案解决了您的问题,您介意投票并接受a吗通过点击左边的复选标记来回答问题?这样,其他有问题的人也会知道什么对你有效。我点击了复选标记,但当我尝试向上投票时,它说了这句话:“感谢反馈!记录了声誉低于15的人所投的票,但不会更改公开显示的帖子分数”.我会努力提高我的声誉,然后再做一次!:)@gersht