R 在不明确指定中断的情况下，改进糟糕的自动勾选位置选择

我发现使用

scale\u y\u log10

时，

ggplot2

有时会产生太少的记号。我正在尝试从任意数据自动生成绘图，我正在寻找一种方法来增加勾号的数量，而无需明确指定它们（因为我不知道数据将是什么）。例如，这里有一个函数用于创建具有对数y比例的简单散点图：

example_plot <- function(x) {
  p <- ggplot(d, aes(x=MW, y=rel.Ki)) + 
    geom_point() +
    scale_y_log10()
  p
}

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y轴上的单个记号标记没有多大帮助。除了重新编写自动勾选位置功能外，是否有任何方法可以防止这种情况？

您可以通过编程设置限制。例如，使用您提供的数据，我们可以在函数中定义如下限制：

example_plot <- function(x){
  # identify the range of data
  lims <- c(10^floor(log10(min(x$rel.Ki, na.rm=TRUE))), 
    10^ceiling(log10(max(x$rel.Ki, na.rm=TRUE))))
  # require ggplot2
  require('ggplot2')
  # create the plot
  p <- ggplot(data = x, aes(x = MW, y = rel.Ki)) + 
    geom_point() +
    scale_y_log10(limits = lims)
  p
}

print(example_plot(d))

就我个人而言，我更喜欢对数图来显示至少一个数量级的变化，所以这种方法有助于确保这种情况发生

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我刚刚通过阅读

？continuous_scale

发现，

breaks

参数可以是：

一种函数，当用一个参数调用时，一个给出比例限制的字符向量返回一个字符向量，指定要显示的断点

因此，为了保证一定数量的中断，您可以执行以下操作：

break_setter = function(lims) {
  return(seq(from=as.numeric(lims[1]), to=as.numeric(lims[2]), length.out=5))
}

ggplot(d, aes(x=MW, y=rel.Ki)) + 
    geom_point() +
    scale_y_log10(breaks=break_setter)

很明显，这个非常简单的示例函数并不能很好地适应数据的对数性质，但它确实展示了如何以编程的方式实现这一点

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您还可以使用

pretty

，它接受大量中断的建议，并返回漂亮的整数。使用

break_setter = function(lims) {
    return(pretty(x = as.numeric(lims), n = 5))
}

结果如下：

更好的是，我们可以使

break_setter（）

返回一个适当的函数，其中包含您想要的

n

，默认值为5

break_setter = function(n = 5) {
   function(lims) {pretty(x = as.numeric(lims), n = n)}
}

ggplot(d, aes(x=MW, y=rel.Ki)) + 
    geom_point() +
    scale_y_log10(breaks=break_setter())  ## 5 breaks as above

ggplot(d, aes(x=MW, y=rel.Ki)) + 
    geom_point() +
    scale_y_log10(breaks=break_setter(20))

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在将轴设置为对数后，您是否尝试过将y限制设置为

c（1,10）

或

c（1100）

？如果您不必使用

ggplot

标准旧

和（d，plot（MW，rel.Ki，log=“y”）

提供几乎完全相同的结果，但有合理的y轴点选择。正如我在文章中所述，我真的不能明确地设置限制，因为我不知道数据的范围是什么-问题是勾选有时效果很差。@LateMail+1让我相信基本图形是有用的！您可以使用

c（10^下限（log10（最小值（相对Ki，na.rm=TRUE）））、10^上限（log10（最大值（相对Ki，na.rm=TRUE）））

。这给了我c（0.1,10），正如你所期望的那样。@shujaa：不用担心，这肯定是对我的基本概念证明的改进。所以你在这里使用我回答中的

lims

？只是想知道。@AndyClifton:不，当您在

连续刻度中使用函数作为
中断
参数时，它会接受自动确定的限制，并通过函数传递这些限制。
break_setter = function(lims) {
  return(seq(from=as.numeric(lims[1]), to=as.numeric(lims[2]), length.out=5))
}

ggplot(d, aes(x=MW, y=rel.Ki)) + 
    geom_point() +
    scale_y_log10(breaks=break_setter)

break_setter = function(lims) {
    return(pretty(x = as.numeric(lims), n = 5))
}

break_setter = function(n = 5) {
   function(lims) {pretty(x = as.numeric(lims), n = n)}
}

ggplot(d, aes(x=MW, y=rel.Ki)) + 
    geom_point() +
    scale_y_log10(breaks=break_setter())  ## 5 breaks as above

ggplot(d, aes(x=MW, y=rel.Ki)) + 
    geom_point() +
    scale_y_log10(breaks=break_setter(20))