R 如何使用ggplot绘制T-SNE聚类

以下是使用IRIS数据的t-SNE代码：

library(Rtsne)
iris_unique <- unique(iris) # Remove duplicates
iris_matrix <- as.matrix(iris_unique[,1:4])
set.seed(42) # Set a seed if you want reproducible results
tsne_out <- Rtsne(iris_matrix) # Run TSNE


# Show the objects in the 2D tsne representation
plot(tsne_out$Y,col=iris_unique$Species)

库（Rtsne）
iris_unique我认为最简单/最干净的
ggplot
方法是将所有需要的信息存储在
data.frame
中，然后进行绘图。从上面粘贴的代码来看，这应该是可行的：

library(ggplot2)
tsne_plot <- data.frame(x = tsne_out$Y[,1], y = tsne_out$Y[,2], col = iris_unique$Species)
ggplot(tsne_plot) + geom_point(aes(x=x, y=y, color=col))

@Mike.H谢谢。但考虑到
种子（42）
，您的绘图配置与我的OP有所不同，这有点奇怪。例如，您的y轴高达~5，而我的~10.t-SNE是一个随机算法，因此每次运行它时，两个轴的值以及簇的形状都会不同。我试图用窄纵横比重现海报的绘图，因此我发现在运行每个实例之前设置.seed（…）

非常有用，以确保它是可重复的。

plot(tsne_out$Y,col=iris_unique$Species)