R 对计数值进行聚类
我有一个表,其中包含每个组中每个变量的计数R 对计数值进行聚类,r,cluster-analysis,heatmap,R,Cluster Analysis,Heatmap,我有一个表,其中包含每个组中每个变量的计数 Age var1 var2 var3 var4 10 0 200 0 100 20 180 500 200 300 30 0 80 0 60 40 150 10 90 20 我正在尝试使用R创建一个热图。在热图的结果中,列的顺序与它们在数据中的顺序相同 我需要以这样一种方式排列/聚集这些列,即将具有类似值的变量聚集在一起(以提供聚集的外观) 在上面的示例中,查看计数(值),var1更类似于var
Age var1 var2 var3 var4
10 0 200 0 100
20 180 500 200 300
30 0 80 0 60
40 150 10 90 20
我正在尝试使用R创建一个热图。在热图的结果中,列的顺序与它们在数据中的顺序相同
我需要以这样一种方式排列/聚集这些列,即将具有类似值的变量聚集在一起(以提供聚集的外观)
在上面的示例中,查看计数(值),var1更类似于var3,而var2更类似于var4
以下是生成相同代码的代码:
tmp = rbind(c(0,200,0,100),
rbind(c(180, 500, 200, 300),
rbind(c (0, 80, 0, 60),
c(150, 10, 90, 20)
)))
rownames(tmp) = c('age10', 'age20', 'age30', 'age40')
colnames(tmp) = c('var1', 'var2', 'var3', 'var4')
tmp
heatmap(tmp, Rowv=NA, Colv=NA,
col = heat.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))
只需删除
Rowv=NA
和Colv=NA
参数,热图将按值进行聚类:
heatmap(tmp, col = heat.colors(256), scale="column", margins=c(5,10))
如果你做了一个演示你的问题/问题的评论,我们会发现它更容易回答。你是对的@joran my bad会删除我的评论,因为我不知道那是什么。