我的R有内存泄漏？

我在Ubuntu 12.04（精确）64位上使用R2.15.3。 如果我在valgrind中运行R：

R-d“valgrind”--香草

然后使用q（）退出程序，得到以下报告：

==7167== HEAP SUMMARY:
==7167==     in use at exit: 28,239,464 bytes in 12,512 blocks
==7167==   total heap usage: 28,780 allocs, 16,268 frees, 46,316,337 bytes allocated
==7167== 
==7167== LEAK SUMMARY:
==7167==    definitely lost: 120 bytes in 2 blocks
==7167==    indirectly lost: 480 bytes in 20 blocks
==7167==      possibly lost: 0 bytes in 0 blocks
==7167==    still reachable: 28,238,864 bytes in 12,490 blocks
==7167==         suppressed: 0 bytes in 0 blocks
==7167== Rerun with --leak-check=full to see details of leaked memory
==7167== 
==7167== For counts of detected and suppressed errors, rerun with: -v
==7167== Use --track-origins=yes to see where uninitialised values come from
==7167== ERROR SUMMARY: 385 errors from 5 contexts (suppressed: 2 from 2)

最近R经常崩溃，尤其是当我通过RCPP调用C++函数时， 这可能是原因吗？

---

谢谢

您可能误读了valgrind的输出。最有可能的是，这里没有（明显的）泄漏，因为R作为一个系统进行了很好的研究。然而，R是一种动态类型的语言，它当然完成了分配。“绝对丢失：120字节”本质上是测量错误——请参阅valgrind文档

如果要查看泄漏，请创建一个，例如，使用以下文件：

library(Rcpp)
cppFunction('int leak(int N) {double *ptr = (double*) malloc(N*sizeof(double)); \
             return 0;}')
leak(10000)

它保留内存，甚至明显地在R够不着的地方，然后退出。我们得到：

$ R -d "valgrind" -f /tmp/leak.R
[...]
R> leak(10000)
[1] 0
R> 
==4479== 
==4479== HEAP SUMMARY:
==4479==     in use at exit: 35,612,126 bytes in 15,998 blocks
==4479==   total heap usage: 47,607 allocs, 31,609 frees, 176,941,927 bytes allocated
==4479== 
==4479== LEAK SUMMARY:
==4479==    definitely lost: 120 bytes in 2 blocks
==4479==    indirectly lost: 480 bytes in 20 blocks
==4479==      possibly lost: 0 bytes in 0 blocks
==4479==    still reachable: 35,611,526 bytes in 15,976 blocks
==4479==         suppressed: 0 bytes in 0 blocks
==4479== Rerun with --leak-check=full to see details of leaked memory
==4479== 
==4479== For counts of detected and suppressed errors, rerun with: -v
==4479== Use --track-origins=yes to see where uninitialised values come from
==4479== ERROR SUMMARY: 31 errors from 10 contexts (suppressed: 2 from 2)
$ 

现在有更多的漏洞（尽管它仍然不像人们希望的那么容易阅读）。如果添加建议的标志，它最终将指向我们所做的

malloc（）

调用

此外，在我的“带R的HPC简介”幻灯片中，我有一个CRAN软件包早期版本中实际泄漏的工作示例。如果出现泄漏，这会有所帮助。如果没有，就很难看穿噪音

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所以简而言之，如果你的代码崩溃了，那很可能是你的代码的错误。请尝试一个可重复性最低的示例，这是（好的）标准建议。

谢谢！我发现valgrind的输出非常混乱。我开始怀疑是否存在泄漏，因为如果我在R循环中迭代调用此函数，那么仅仅调用一个Rcpp函数，例如：numerimatrix myMat（int-nCols，int-nRows）{numerimatrix out（nRows，nCols）；return-out；}偶尔会导致R与segfault崩溃：for（ii in 1:10^6）mat如果可以重现segfault，也许在

gdb

下运行，那么我们就有可能改进。否则，这几乎是不可能的。你是对的，如果我设法重现错误，我会在另一个问题中发布它。谢谢，也请考虑RCPP DEVALL列表以寻求帮助。