R ggplot2:如何向密度图添加重要性条?

R ggplot2:如何向密度图添加重要性条?,r,ggplot2,R,Ggplot2,我试图生成一个(分组)密度图,并进行显著性检验 我使用箱线图(使用ggsignifpackages)实现了这一点,但我不知道如何使用densityplot setwd("~/myData") data<-read.delim("genes.txt", head=T, row.names = 1) data$Variance<-apply(data, 1, var) head(data) dim(data) library(ggplot2) library(ggsignif)

我试图生成一个(分组)密度图,并进行显著性检验 我使用箱线图(使用
ggsignif
packages)实现了这一点,但我不知道如何使用densityplot

setwd("~/myData")

data<-read.delim("genes.txt", head=T, row.names = 1)
data$Variance<-apply(data, 1, var)

head(data)
dim(data)

library(ggplot2)

library(ggsignif)

ggplot(data, aes(x=variance, col=type)) +geom_density() )
 geom_signif(comparisons = list(c("normal", "traited")),map_signif_level=TRUE)

如评论中所述,我想有一种条形图尚未在
ggsignif
中实现。这里是一个手动解决方案,包含一些手动预处理(即pvalue)和后处理(通过调整垂直定位使其看起来更漂亮)


如评论中所述,我想有一种条形图尚未在
ggsignif
中实现。这里是一个手动解决方案,包含一些手动预处理(即pvalue)和后处理(通过调整垂直定位使其看起来更漂亮)


欢迎来到SO。请分享一些数据和代码,以使您的问题重现:哦,我刚刚看到您扩展了问题-我的答案现在有点偏离,因为我没有意识到您想要使用
ggsignif
-顺便说一句,很高兴了解这一点!然而,
ggsignif
的错误条和渐晕图似乎表明它在非条形图上还不起作用。因此,您毕竟可能是我的解决方案中的中间人。欢迎使用So。请分享一些数据和代码,以使您的问题重现:哦,我刚刚看到您扩展了问题-我的答案现在有点偏离,因为我没有意识到您想要使用
ggsignif
-顺便说一句,很高兴了解这一点!然而,
ggsignif
的错误条和渐晕图似乎表明它在非条形图上还不起作用。所以说到底,在我的解决方案中,你可能是中间人。
error in f(...)
can oly handle data with groupes that are plotted on the x-axis 
x = rnorm(10000,2)
y = rnorm(10000,-1)

require(ggplot2)

df1=data.frame(val=x,type="x")
df2=data.frame(val=y,type="y")
df.complete = rbind(df1,df2)

mean1 = mean(x)
mean2 = mean(y)
middle = (mean1 + mean2)/2

pval = 0.001 #replace by appropriate p-value from test of choice

g = ggplot(df.complete,aes(x=val,fill=type))
g = g + geom_density()
g = g + ylim(0,0.5) #enlarge sufficiently to have some space
g = g + geom_segment(aes(x=mean1,y=0.425,xend=mean1,yend=0.45)) #correct y and yend after visual inspection
g = g + geom_segment(aes(x=mean2,y=0.425,xend=mean2,yend=0.45)) #correct y and yend after visual inspection
g = g + geom_segment(aes(x=mean2,y=0.45,xend=mean1,yend=0.45))  #correct y and yend after visual inspection
g = g + geom_text(aes(x=middle,y=0.47,label=pval),hjust="center") #correct y after visual inspection
g